研究人员建立蛋白工程化改造新方法和基于Cas12i的基因编辑新工具

作者: 周琪、李伟

来源: 中国科学院动物研究所

发布日期: 2022-05-31

中国科学院动物研究所开发了一种蛋白质工程化改造的新方法MIDAS,并利用该方法获得了高活性的Cas12i Max以及高特异性的Cas12i HiFi等基因编辑新工具。这些工具在基因编辑效率、基因组靶向范围和特异性方面具有显著优势,有望在多个领域发挥重要作用。

CRISPR-Cas基因组编辑技术在基因治疗、农作物经济性状改良及基础研究等领域均有多样化的应用,引领生物技术与应用的快速发展。自然界中广泛存在的天然CRISPR-Cas系统为新型基因编辑工具研发提供了丰富资源。然而,自然界微生物中发现的Cas工具蛋白在哺乳动物细胞中的编辑效率较低,这限制了它们的应用,尤其是在生物医学方面的应用。

中国科学院动物研究所建立了一种蛋白质工程化改造的新方法(Improving Editing Activity by Synergistic Engineering,简称MIDAS),并利用该方法获得了高活性的Cas12i Max以及高特异性的Cas12i HiFi等基因编辑新工具。

研究发现,MIDAS方法能够显著提高来自不同CRISPR家族的Cas核酸酶,如Cas12i、Cas12b及CasX等CRISPR系统的基因编辑效率。其中,Cas12i由于较小的蛋白质尺寸、简单的crRNA及PAM,具有较好的应用潜力。

通过MIDAS方法改造的Cas12i具有以下优势和特点:(1)Cas12i Max编辑效率非常高,相较于目前广泛使用的CRISPR基因编辑工具,展现了更高的平均基因编辑效率。(2)Cas12i Max具有非常广泛的基因组靶向范围,能够高效地识别NTNN、NNTN、NAAN及NCAN等PAM序列,可识别PAM覆盖了70%的人基因组。

(3)在Cas12i Max的基础上进一步改造获得了新的突变体Cas12i HiFi。Cas12i HiFi在全基因组范围内展现了的极高的特异性和极低的脱靶效应,同时保留Cas12i Max 90%的On-target基因编辑活性。MIDAS方法有望在多种CRISPR系统的基因编辑工具化改造中发挥作用。

该研究改造的新型Cas12i基因编辑工具在动物模型制备、作物育种、医学核酸检测、基因治疗等领域颇具应用前景。5月26日,相关研究成果发表在The Innovation上。该工作由动物所和北京干细胞与再生医学研究院完成。动物所研究员周琪和李伟为论文的通讯作者,博士研究生陈阳灿、胡艳萍、王鑫阁为论文的共同第一作者。

研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中科院战略性先导科技专项和中科院基础研究青年团队项目的支持。

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