采用透明同行评审模式的期刊仍属少数，而且多数局限于生物医学类期刊，也鲜有国内期刊采用这一稿件评审模式，但相信这一论文评审模式是促进信息分享的一个有益尝试，也会激发内容丰富的讨论。如果从17世纪中叶的《英国皇家学会刊物》和法国的《学者杂志》算起，学术期刊的同行评审已有300多年历史。时至今日，同行评审已成为学术期刊稿件评审与质量控制的一种基本制度规范。
尽管同行评审在科技论文发表过程中至关重要，但同行评审实践中暴露出来的局限性也受到越来越多的关注。随之而来的是人们对同行评审的各种改进尝试，以及评审方式的日趋多样化。目前期刊采用的形式为：有偿评审、双盲评审、公开评审甚至发表后评审等。这次提及的透明同行评审不同于公开评审，审稿人仍然可以选择隐匿个人身份，期刊只是将评审人的审稿意见或作者回复信等记录与文章一起上传，以供读者下载。
Wiley旗下的EMBO系列期刊是较早实行了透明同行评审模式的期刊之一。在这一举措实行两年后，EMBO主编Bernd Pulverer 2010年曾在Nature发表评论，总结分析了透明同行评审实行以来审稿人和读者的反馈以及期刊影响力变化等多项数据。
当时的实践结果显示，透明同行评审方式并不会打击审稿人的评阅积极性，期刊的论文接收率也没有发生大的浮动，而且这一举措会在一定程度上促使审稿人在撰写报告时更为细心，编辑作决定时更加谨慎。2016年，Nature Communication宣布采用透明同行评审的形式，作者可以选择发表其文章的同行评审记录。
作为影响力较高的综合性期刊，Nature Communication这一举措很快受到高度关注，也在一定程度上带动了其他一些期刊在此后试行这一评审模式。例如，自2019年起，BMC旗下Genome Biology期刊也正式决定采用透明同行评审模式处理稿件。
在期刊2018年末发表的社论中，编辑详细对比了普通单盲评审和透明同行评审的两组实验数据，并同样得出两种评审模式在稿件接收率以及编辑需要邀请的审稿人数量方面并没有显著差别。值得一提的是，在期刊调查大家是否愿意采用透明同行评审模式评阅自己稿件时，98个作者中的大部分表示支持，只有13位表示反对。而这13位作者中还有3位的反对理由是感觉透明同行评审也没有做到完全“透明”，他们认为审稿人的身份也应公开。
期刊编辑则认为，公开审稿人身份会对人们投稿和撰写评审报告的积极性产生负面影响。我个人支持匿名但公开审稿意见的透明同行评审方式。除了上述已经分析的原因，根据笔者经验，由于论文修改时间通常较为紧张，作者有时会因忙于应对审稿人提出的问题，而忽视将这些答复内容充分体现在论文当中。这些答复信中包含重要的信息，会随着论文的发表而石沉大海，而公开审稿记录和作者答复，将有助于读者全面理解论文内容。
此外，撰写同行评审报告是青年学者需要学习的重要内容，而之前的同行评审记录由于被隐藏，大家能看到评审报告往往只限于自己组内的稿件，可供学习的资料非常有限。而公开在网上的审稿人评语可以成为撰写同行评审报告非常好的参考模板。当然，任何一种同行评审模式也绝非完美无缺，公开审稿意见和作者答复同样可能激发一些风波。
目前论文审阅过程中，编辑一般需要依赖多个审稿人的评审报告，并结合自己对这篇文章的印象来作出最终决定。虽然科学论文的内容应是对自然现象的客观记录，但论文评审过程中却在很大程度上反映了编辑和审稿人的主观意见。尽管负责任的审稿人和编辑都会尽力挑选优秀的稿件发表，但在整个评审过程中，审稿人的意见和编辑的判断不可能满足所有作者心中对“公平”审稿的期待。
设想一下，如果较多期刊公开评审意见，一些作者可能产生怨言，编辑也可能受到更多纠缠。所以我想，同行评审方式的内在局限性也不是通过公开审稿意见就能完全改善，暂时不公开评审报告的期刊，也并非意味有什么违规的“黑箱操作”。读者对期刊质量的认可和反馈应是很重要的评价标准之一。
目前，采用透明同行评审模式的期刊仍属少数，而且多数局限于生物医学类期刊，也鲜有国内期刊采用这一稿件评审模式，但相信这一论文评审模式是促进信息分享的一个有益尝试，也会激发内容丰富的讨论。未来的学术期刊出版界，多种评审形式应会长期并存，这对期刊编辑而言可能会是一种挑战和压力，但对于科研工作者来说可能是一件好事，因为这可以促使大家深入了解论文的评审过程，投稿时也将有更多的参考和选择。