在中国，北京和上海是走在科技发展最前沿的两个城市，也是城市间合作最紧密的两地。若以加权分数式计量（WFC）计算，北京去年对自然指数涵盖的期刊的贡献为1,693，而上海是762。两个城市合计所产出的论文数量比接下来的十个城市结合在一起的更多。它们还在2016年建立了382项双边机构合作关系——超越中国所有其他城市组合。
北京和上海都吸引着中国和海外的研究人才。但由于北京邻近经费及决策单位，这便给了首都的科研人员争取研究经费的独特优势。两地合作的势头依旧旺盛。当寻求合作对象时，科学家们往往希望找最好的。
在政府的扶持下，深圳以广州为榜样，大力发展科研。谈到基础研究，深圳一直是广州的小兄弟。这两座城市位于中国最富裕的省份——广东省的珠江口，彼此相距不过130公里。深圳从一个不起眼的“小渔村”蜕变为当今中国人均GDP最高的大城市和最具创新力的大都市。广州的高校和公共研究机构吸引了来自全国各地的学生和研究人员，而深圳则吸引了一批科技和通讯巨头，如腾讯和华为。
深圳已经到了收获期。
在过去的十年里，深圳市的研究人员在《自然》《科学》《细胞》和《物理评论快报》上发表了几十篇论文，主要都是与私营部门的研究人员合著。华大基因是这些论文的一个主要贡献者，它是中国科学院的一家衍生公司，曾是世界上最大的研究用DNA测序提供商。深圳市政府也已经开始利用自身的财政力量扩建研究基础设施。
2015年至2016年，深圳市与包括中山大学、华南理工大学、清华大学、北京大学和哈尔滨工业大学在内的10所高校签订协议，或在该市新设校区，或将原本以教学为主的研究生院升级为独立校区，推动研究发展。