11月17日，《自然》杂志正式出版了增刊“2016自然指数-科研合作”（Nature Index 2016 Collaborations）。该增刊显示，2015年，中国科学院在全球100家平均合作分值最高的机构中位列第4，在入榜的24家中国科研机构中排名最高，中国科学院大学和中国科学技术大学分列第11和第40位。此外，中科院在化学和物理学领域的国际合作也有突出表现。
在全球最主要的100组双边合作中，有11组中国机构位列其中，其中包括中科院化学研究所与北京大学（第3）、北京大学与清华大学（第5）、中科院物理研究所与北京大学（第9）等。增刊显示，美国和中国已构成全球科研合作中最主要的双边关系。2015年，中国和美国在所有双边合作国中的合作分值最高。2012至2015年期间，涉及中美双方机构的科研合作数量增加了80%以上，生命科学领域的科研合作数量增加了一倍以上。
部分原因是许多居住在美国的华裔科研人员与中国国内的同行，基于“族群纽带”而增强了彼此间的合作。根据美国国家科学基金会的数据，美国出生在海外的持有理科或工科博士学位者约有四分之一来自中国。
增刊揭示了科研合作者中存在着显著的空间群集现象，即有相当多的高水准科研是由同一个城市的科研机构合作完成的。在全球100个最紧密的机构间双边合作关系中，有将近半数是这种情况。科研人员之间在地理位置上的接近，以及社交圈和组织机构上的相似度或许可以解释这一现象。
此外，增刊还显示，2012年到2015年间，涉及多国合作的论文数量持续增加，约占自然指数在2015年所追踪的论文总数的43%。其中，生命科学、地球与环境科学、物理学这3个学科的国际合作论文都超过了各自领域论文总量的50%，化学领域的合作论文也达到了31%。这些趋势表明，国际合作在高水准科研活动中的重要性和贡献度在不断增加。
此次增刊所依据的数据涵盖了自然指数所追踪的2012年1月1日至2015年12月31日期间发表的论文。自然指数于2014年11月首次发布，纳入指数的68种自然科学期刊由在职科学家所组成的两个独立小组选出，并结合一项大规模的调查收到的回复最终确定入选期刊。