近期，科学家又发现了一段早期人类与尼安德特人进行种间杂交的时期。这再次证明，历史上不同的早期人类物种间发生性行为是十分稀松平常的事情。塞尔希·卡斯特利亚诺是德国莱比锡城马克斯·普朗克演化人类学研究所的人口遗传学家。他认为：“随着越来越多的古人类和早期现代人被找到并测序，我们将会看到更多的种间交配行为。
”通过分析尼安德特人基因组中的智人DNA痕迹，卡斯特利亚诺的团队发现了最新的种间杂交证据，大约发生于10万年前。该尼安德特人基因提取自西伯利亚某洞穴中发现的一块脚趾骨。
卡斯特利亚诺告诉我们：“人口遗传学研究圈内有一句笑话——种间杂交现象是发现不完的。”在研究人员发现下一个证据之前，让我们先来简单了解一下他们从古DNA研究中已经推断出的几次种间杂交事件吧。最新的发现来自于对一名女性尼安德特人基因组的重新分析，她的基因组序列比其他尼安德特人标本上的更加精确和完整。科学家在其中发现了晚期智人的DNA片段，这正是由于种间性行为而获得的。该行为可能发生在中东地区。
卡斯特利亚诺及其团队将其研究成果发表在《自然》杂志上。文章提出，大约在10万年前，该女性的祖先——一小群从欧洲迁徙到亚洲的尼安德特人，遇到了一波最早离开非洲的智人。这些早期现代人的身份仍是一个谜团，但我们已在以色列的斯虎尔和卡夫扎洞穴发现了大约10万年前的晚期智人遗骸。与之类似的，还有发现在中国南部洞穴中的早期人类牙齿化石，这些遗迹都可以代表早期人类离开非洲的旅程。
但这些种群究竟是否有后代遗留至今，目前仍未可知。
人类与尼安德特人进行交配的第一份决定性证据来自对一套尼安德特人基因草图的分析结果。该基因组主要来自在克罗地亚发现的古人类遗骸。这些种间交配的结果就是，非洲以外的人类基因组上会携带少量（1~2%）尼安德特人的DNA。随着离开非洲的人类与当地的尼安德特人会面，这两个种群很可能在5~6万年前的中东发生接触。
在更近些时候的东欧，两个种群可能也发生了种间交配的现象。来自4万年前罗马尼亚的人类骨骼证据显示，该个体的祖上可能有尼安德特人。同时，部分研究人员认为，东亚人的祖先可能是尼安德特人的远亲，这也使他们具有比欧洲人略多的尼安德特人血统。
尼安德特人并不是唯一与智人通婚的古人类族群。丹尼索瓦人是在西伯利亚阿尔泰山南部附近一个洞穴中发现的古人类种群，其足迹可能曾经遍布亚洲，因而具有充分的机会与当地的人类通婚。巴布亚新几内亚和大洋洲其他地区的人类也携带丹尼索瓦人的DNA碎片，就像东亚人一样。有些序列已被证明对人类有益，比如帮助西藏人适应高纬度的基因突变很可能就遗传自丹尼索瓦人。
尼安德特人和丹尼索瓦人都曾在某段时间居住在丹尼索瓦洞穴中。
他们之间也发生过通婚现象，可能出现在5万年前的亚洲。科学家对这两者的种间交配所知甚少，但它很可能使丹尼索瓦人具有了尼安德特人的某些免疫系统基因。最具有神秘色彩的种间交配事件发生在丹尼索瓦人和人科中一个谜样的种群。该种群可能在几百万年前就已离开非洲。这个谜样的种群可能是亚洲直立人（约10万年前生活在印度尼西亚）的一个支流，也可能是弗洛瑞斯人（十多年前发现在印度尼西亚岛屿上的“霍比特人”）的亲戚。