2015年3月31日，诺奖得主野依良治正式辞去日本理化学研究所理事长一职，结束了对这所顶尖研究机构长达11年6个月的掌管。外界猜测，其辞职是为小保方晴子“万能干细胞论文造假”事件担责，但有内部人士认为背后另有原因。甚至有人表示，依这位“皇帝一样”的理事长的性格，他是不会轻易离开的。
坐在理事长的位置上，野依良治手中握有许多权力。虽然在此任“一把手”十余年，但很多工作在理研所的人表示，他们对野依良治的了解并不多。熟知野依良治的研究员曾直言不讳，虽然他34岁就顺利当上了教授，但他为人比较有激情、傲慢。身边的工作人员都比较怕他，一有不顺他意的事情，他就会大呼小叫发脾气。
在“万能干细胞论文造假”事件使得理研所陷入泥沼之前，野依良治基本是以优秀化学家、理研所理事长等正面形象出现在公众面前。不过，理研所“万能干细胞论文造假”事件也并非让他首次因负面消息而引发媒体关注。2002年，日本媒体爆出野依良治没有申报2000年之前的3200万日元的个人收入应缴纳税款。最终，野依良治向日本名古屋地方税务局缴纳了1500万日元的个人所得税，其中包含了相应罚款。
2015年3月23日，野依良治在新闻发布会上强调其辞职为个人原因，不便告知，并一再表示自己的辞职并非为“万能干细胞论文造假”事件负责。不过，部分理研所相关人士认为，“万能干细胞论文造假”事件仅仅是野依良治辞职缘由之一。野依良治在理研所像是皇帝一样，而且没有规定退休的年龄，以他的性格是不会轻易离开的。
2015年4月1日，理研所将迎来新任理事长，理研所的身份也将改为国立研究开发法人。新理事长为京都大学前校长、空间等离子物理学家松本纮。松本纮的改革前景似乎并不被看好，曾任职于理研所的一位工作人员表示，他并不持乐观态度，认为松本纮很难在短期内改变什么。
作为一名化学家，野依良治自身的经历证明了他所说的要有好奇心、热情并持之以恒，才能成为好的科学家。他的研究成果被运用到了医药、香料、调味料等化工领域。由于对“手性催化氢化反应”作出的贡献，野依良治被授予2001年诺贝尔化学奖。
在获得诺贝尔奖后，野依良治的工作和生活却并不像轻井泽那样平静。获得诺贝尔奖后，他有了更多的身份和工作，成为日本科学院院士及理化学研究所的理事长。他的晋升速度在日本是一个特例，发表的学术论文高产，获得了众多奖项。
2015年3月24日，野依良治在理研所网站发表文章，指出了自己任期间取得的成绩，包括发现113号元素、制造SACLA X射线自由电子激光器和‘京’超级计算机等。他提倡独立创新，推行了一系列的改革，吸引了众多优秀的科学家。
然而，野依良治推行的竞争上岗制、解除终身制等举措在取得成绩的同时，也带来了不少争议。有人认为，正是这样的制度让研究人员倍感压力，造成了理研所追逐利益的文化。理研所一直拥有可观的论文发表数量，自2005年起，连续每年发表学术论文2500篇以上。
在小保方晴子“论文造假”事件中，媒体的作用未能受控，理研所对“万能干细胞”做了过多的宣传，引起了关注，专业人士很快就发现了其中的错误。最终，野依良治的辞职成为了一个戏剧性的结局。