当下关于科技体制改革的讨论大多纠缠于某些技术性环节，如经费如何使用与监管，怎样吸引人才等微观层面，不能说这些问题不重要，但是从全局来讲，这类研究容易陷入只见树木不见森林的认知陷阱中，为了局部的优化而牺牲了整体的改进，这是短视的行为，只有整体的改革才有期望的未来。明确科技体制改革所要解决的宏观性问题是什么？这是整个科技体制改革的纲领性问题。
简而言之，在我们看来主要有以下三个问题：首先，确立合理科技发展目标的体制建设问题；其次，寻找一种能够有效合理配置各种科技资源的制度结构问题；第三，结构运行的规则问题，即满足群体的公平正义原则与资源的最优效率原则。
关于确立合理的科技发展战略目标，这是整个科技活动中居于头等重要的事项。
因为一旦科技发展战略目标确立，就意味着各种科技资源会随之跟进，然后科技共同体就被引领到这个既定的方向上去，毕竟这是大科学时代的特点：紧跟经费的指挥棒起舞。如果战略目标选择失误，那么其后果不言自明。那么是谁来决定一个国家的科技发展战略目标呢？这个问题很少有人去想，甚至根本就不知道，然而它却是最重要的。
以美国为例，美国在制定国家科技发展战略目标时，首先是通过总统科学顾问委员会提交最初的研究报告，然后由总统签署、议会通过后才得以确立的。而我们则选调几十名部级官员再装饰性地加入几个学者，就构成了战略目标编写人员的框架，然后编写报告，上报国务院，由此就决定了国家整体科技发展战略。
目标确立后接下来的任务就是如何把科技资源合理配置，以使其发挥最大的效率。这就是科技体制的结构问题。
不同的结构安排会有完全不一样的状态与绩效，这点应该已经成为我们的常识。做个简单类比：在计划经济体制下，同样的土地和人力，其产出与市场经济体制下的产出具有了天壤之别，究其原因，就在于不同的结构安排让资源要素实现了不同的组合方式，从而调动了作为个体的人的积极性，也创造了效率奇迹，科技体制同样如此。因此，在中观层面如何让科技资源的诸要素合理配置是产生不同状态与绩效的关键。
由于科研管理机制的整体水平提升的严重滞后，导致现有的管理架构无法有效地配置快速增加的科技资源（人才与经费），结果就是管理部门只简单地按比例提升项目的资助幅度，以此消化科技增量，并减轻评审的负担，以及维持原有的管理框架，只重视资源投入与产出，而无视或者轻视科技发展的现实需求与科研基础环境配套的建设，带来的就是目前这种华而不实的畸形发展状态。
这就是我们在科技界常见的现象：土豪模式，没有技术含量，只是经费多。管理部门的土豪思维，造就了科技界对于土豪的追捧。管理部门的支持就是通过增加投入来表达的，其实，这种原始的简单要素的投入模式只能维持低端知识生产，而国家所追求的原始创新是这种模式下无法实现的。毕竟知识生产是一项复杂的系统工程，仅有钱是不够的，否则的话海湾国家就将是科技最发达的地区了。
2013年中国的R&D投入约占GDP的2%，科技管理部门有钱了，如何让这些宝贵的科技资源创造出更多的高质量的知识产品，从而实现从科技大国向科技强国的转变仍有很长的路要走，但有一点是肯定的，即原有的管理模式是不行的。这就需要科技体制改革从结构入手，以此带来状态与绩效的根本性改变，原有的靠砸钱的土豪模式显然难当大任，也是不可持续的，当下的众多所谓重大项目大都在此列。