针对STAP细胞论文的学术不端的质疑，理化学研究所于4月1日宣布研究中确实存在学术不端行为。对于3月14日公开发布的中期报告中被保留看法的4项事项中的2项，仅判定论文第一作者，理化学研究所发育生物学中心（CDB）研究室主任小保方晴子存在捏造、篡改等学术不端行为。共同作者虽无学术不端行为，但由于未能发挥把关作用也“责任重大”。
调查委员会（委员长：石井俊辅，理研首席研究员）发表了最终报告。在4项调查事项中，作为研究的基石——显示细胞多能性的图像，为3年前小保方晴子所完成的其他主题的博士论文时所使用的图像——这从根本上摧毁了数据的可信度，也不得不说逐渐令人意识到了潜在的危险。因此判定为“捏造”。
关于剪贴并加工实验图像的结果一事，作者抱着“只是想做出看得清楚美观的图”的目的行事，被判定为“篡改”。共同作者只在论文投稿前看到过被篡改后的图像，因此判定无学术不端。共同作者CDB中心副主任笹井芳树及山梨大学教授若山照彦虽无涉及造假，但身在其位却招致学术不端行为，此二人亦责任重大。
调查委员会对上述几点表示“屡屡做出绝对无法容忍之行为”，严厉批评其“歪曲了科学的本质，令社会各界不仅仅是对搞研究这一行为更是对研究人员这一群体大失所望。”
小保方晴子：“无法服从最终报告”。围绕着“STAP细胞”论文，理化学研究所调查委员会针对第一作者小保方晴子研究室主任公布了“存在学术不端行为”的最终调查报告。基于这一结果，小保方晴子4月1日通过代理律师发表了评论。关于被认为存在学术不端行为的事项，她主张自己只是“刊登了简单易懂的图像”、“单纯的失误”，因此是“无心之失”。“篡改、捏造的指责，恕我无法服从”，明显可见其向理研提出不服申诉的意向。