第二次世界大战由于曼哈顿计划的成功、核武器的直接使用而终结，人们将之形容为“物理学家的战争”，以对标第一次世界大战“化学家的战争”。洛斯阿拉莫斯的科学主管奥本海默一度成为了美国英雄，而其他物理学家也被推到了聚光灯下，一时间“当核物理学家”成为孩子们的梦想。
1945年8月6日清晨，蘑菇云隆隆升起，在闷热的广岛市上空挥之不去。3天后，同样的云又出现在了长崎市的上空。这是第一次，也是迄今为止唯一一次，核武器被用于战争。核弹投下几天后，日本投降，第二次世界大战结束。
当两颗核弹戏剧性地迅速结束战争后，“物理学家的战争”成为战后大家讨论的焦点。例如，1949年，《生活》杂志对物理学家J.罗伯特·奥本海默进行了报道，奥本海默曾担任战时洛斯阿拉莫斯实验室的科学主任，该实验室是“曼哈顿计划”的核心。
这些变化似乎是“物理学家的战争”后的必然结果。然而，这个词最早与核弹或雷达并无关联，早在1941年11月——珍珠港遭到袭击前几周就已被提出。当时，詹姆斯·科南特（James B. Conant）在美国化学学会的一份通讯中首次提到，在欧洲肆虐的战争是一场“物理学家的战争，而不是化学家的战争”。
到1943年年底，本科物理招生人数增加了两倍，政策也随之迅速跟进。美国政府于1942年12月成立了国家物理学家委员会（National Committee on Physicists），这是美国政府第一次为某个学术领域成立此种机构，专为地方征兵机构提供“与教学相关”的咨询。
战后，“物理学家的战争”一词的使用每隔10年左右就会反弹一次，通常是在广岛和长崎被炸的周年纪念日前后。战后，重新热议的高峰是在理查德·罗兹（Richard Rhodes）获普利策奖的著作《原子弹的出世》（The Making of the Atomic Bomb）出版的时候，那是在1986年。
从1941年“曼哈顿计划”开始到“冷战”10年，对年轻物理学家“储备”和“定量配给”的说法就一直没有停息。然而，虽然说辞没变，但培训目的发生了很大变化。美国官员开始认为，不能仅向士兵传授一些基础物理知识，而应当建立一支由物理学家组成的专门研究核物理的“常备军”，一旦“冷战”升温，就能立刻投入核武器研发，为可能到来的战争做好准备。