2014年，在波士顿儿童医院的重症监护病房里，Greg Priebe医生正在治疗一名肺部衰竭的青少年。更糟糕的是，该病人正因为血液中酝酿的一场感染而发着高烧——这是由一种名为“乳酸杆菌”的细菌引起的，它常见于益生菌胶囊和酸奶等食物中。这个病例让Priebe想起了几年前那个背部手术后也同样感染了乳酸杆菌的病人。这两位患者在当时都服用了含有大量乳酸杆菌的益生菌。
这不禁让Priebe开始怀疑感染是否是通常认为对人体“友好无害”的益生菌引起的。
重症监护病房（ICU）的病人，无论是儿童还是成人，很多都会服用益生菌。通常，病人一开始是在家里服用，来抵抗抗生素引起的腹泻，而进入ICU以后，他们也会保持这种习惯，自主地服用益生菌。在加拿大，一项大型的临床试验正在测试益生菌是否能预防成人ICU患者的因为使用呼吸机而引起的肺炎。
2019年11月7日发表在《自然医学》杂志上的一项由美国波士顿儿童医院和以色列理工学院合作的研究，对在ICU使用益生菌提出了警告，在一小部分病例中，研究人员发现益生菌中的活性菌可能导致血液感染。
波士顿儿童医院的感染预防和控制小组注意到，ICU病人中出现了由乳酸杆菌引起的菌血症——2009年至2014年间，ICU有1.1%的菌血症病人曾摄入过益生菌。这一发病率让感染预防和控制部门的医学主任Thomas Sandora和小儿传染病科医生Kelly Flett感到担忧，因此他们决定做一个病例对照研究。
研究进入下一阶段——基因组研究。Gregory Priebe医生、博士后Christina Merakou与沃尔特里德陆军研究所进行合作，利用全基因组测序技术，证明了ICU菌血症患者血液中的细菌与益生菌胶囊中的细菌几乎完全匹配——患者感染的是一种叫做“鼠李糖乳酸杆菌GG”（Lactobacillus rhamnosus GG, 简称LGG，一种乳酸杆菌）的菌株。
波士顿儿童医院的研究团队与以色列理工学院进行合作，将研究推进了下一阶段。他们一个一个地分析细菌DNA中的碱基，以比较从感染的血液和益生菌胶囊中分离出的多个LGG菌株的单核苷酸多态性（SNP）。
最终，研究人员在从血液重分离出来的细菌的基因组中发现了11个基因位点的改变，他们还发现，益生菌中的一些LGG菌一旦定居在病人的胃肠道，就会产生一种新的突变，从而对抗生素产生耐药性。
以上的研究结果说明，友好的细菌不仅变成了敌人，还变成了一种超级细菌。尽管如此，研究人员还是强调，他们发现的感染风险绝不意味着益生菌对每个人都是危险的。Merakou说，这项研究只关注儿童医院的重病患者，而她自己作为“从小喝酸奶长大”的希腊人，“不会因为我们的研究而停止喝酸奶，但我们确实需要在医院里对这类事情更加小心，可能的话，甚至可以给父母一些指导。”
总的来说，在Nature Medicine杂志的这篇研究中，使用益生菌的ICU患者感染乳酸杆菌的几率是不服用益生菌的患者的120倍，但是并没有一个病人死于感染。而其他研究则证明了益生菌的益处，特别是对治疗抗生素引起的腹泻至关重要。
因此，目前一项关于ICU中益生菌服用的风险和益处的重大国际研究项目正在进行中，这是一个随机双盲的、有安慰剂对照的高标准的临床试验，“它将告诉我们益生菌引起血液感染的风险是否能被益生菌其他潜在好处所抵消。”Priebe如是说。