人体内每一个器官都有其存在的意义，扁桃体切除手术有着严格的指征，不是由个人意愿决定的。一般在临床上，扁桃体切除术是治疗反复扁桃体感染和阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（OSAS）较为有效的方法。80%的患者是因OSAS而做的扁桃体切除术，只有20%的患者是因为反复感染。2019年，美国耳鼻咽喉头颈外科学会对儿童扁桃体切除术临床实践指南做了更新。
对于1年内扁桃体炎发作超过7次或过去2年，每年发作超过5次或过去3年，每年发作超过3次，才强烈建议手术切除扁桃体。此外，对于经常引起并发症，如反复发烧、咽喉疼痛、扁桃体流脓、颈部肿胀化脓，以及出现生长缓慢、学习不良、夜尿症、哮喘和行为问题等症状时，建议手术切除扁桃体。剩下的一些比较轻、时间比较短（如小于3个月），则完全可以观察等待，不必急于手术。
除腭扁桃体、咽扁桃体、舌扁桃体外，在人的耳咽管周围还存在着咽鼓管扁桃体。