300多年来，现代医学在中国经历了四个阶段的演进：西方医学的传入（1643-1911），现代医学体系的初创（1912-1949），现代医学体系的建立与发展（1950-1978），现代医学体系的改革与完善（1979-今）。
现代医学的早期传入，西方医学在中国的传播，早期传教士起到了重要作用。16世纪中叶，葡萄牙人在澳门设立的西式医院和麻风病院，是近代西医传入中国的开端。1621年，瑞士籍的耶稣会士邓玉函到达澳门传教行医。1629年，邓玉函受朝廷征召进京帮助修撰天文历法，同时也把西方的解剖生理知识介绍到中国。
牛痘接种术的传入，真正使中国老百姓了解到西方医学的价值。牛痘接种是预防天花的一种有效方法。当时天花是一种严重的疾病，病死率很高，若幸免，则有很严重的后遗症。
外科技术，西医外科特别是眼科诊疗技术的传入，对当时国人认识西医产生了重要影响，于是民间有“中医擅长内科，西医擅长外科”的认识。
医学建制化的开启，鸦片战争前，西方的医生只是零星地在中国建立了一些诊所、医院。1840年以后，国门被迫打开，从沿海的通商口岸到内陆都陆续建立了教会医院。
现代医学体系的初创（1912-1949），辛亥革命之后，1912年南京临时政府成立，教育部颁布《大学令》，国家正式创办大学和专门学院。北京医学专门学校，即现在的北京大学医学部，是第一所国立医学专门学院。
现代医学体系的建立与发展（1950-1978），中华人民共和国成立后，在1950年举行的第一届卫生工作会议上，确定了国家的卫生工作方针：面向工农兵，预防为主，团结中西医。
现代医学体系的改革与完善，当代医学面临着很多的挑战。现代医学在诊断、治疗方面的精确性与有效性有了极大提升，但带来的却是疾病的增多。