石正丽在野外通过果蝠采集样品，图片来自 SHI ZHENGLI/ Science Magazine。4月30日，美国总统特朗普在白宫记者会上表示，新冠病毒是由武汉病毒研究所泄露导致的，并认为这一观点“高度可信”。而在此之前，特朗普政府已经向美国国立卫生研究院（NIH）施压，要求他们停止继续向武汉病毒研究所研究员石正丽提供项目经费。
该项目由非盈利组织生态健康联盟（EcoHealth Alliance）与石正丽进行合作，经费由美国NIH提供支持，以研究蝙蝠冠状病毒，石正丽获得了该项目的部分经费。7月24日，石正丽终于打破沉默，接受了《科学》杂志（Science）的邮件采访，就相关问题进行澄清。
石正丽否认新冠病毒来自她们实验室，并认为特朗普称新冠病毒是来自她实验室泄露的，对她的个人和工作带来很大的伤害，因此她对《科学》表示，“特朗普欠我一个道歉”。在这次采访中，石正丽表示，最早接触新冠病毒是在2019年12月底，但她们当时不知道这些病毒是新冠病毒，并非如同外界有些论调称她们很早就知道新冠病毒，新冠病毒更非是她们实验室合成的。
为了探究新冠病毒的来源，中国邀请了两名世界卫生组织研究员，目前他们正在中国进行调研。在《科学》杂志的这一访谈中，他们谈及了新冠病毒的起源。石正丽表示，“我们及其他国际同行发现，新冠病毒很可能来自蝙蝠，在经过一个或几个动物宿主后，开始在人群中适应下来。但我们仍不清楚哪个动物是新冠病毒的中间宿主，以及新冠病毒是如何跳跃到人类身上的”。
虽然也有可能新冠病毒直接由蝙蝠传播给人的可能，但是石正丽表示，她更倾向于新冠病毒经由中间宿主，再跳跃到人身上。当《科学》杂志问及新冠病毒是何时以及在哪里率先出现时，石正丽表示，目前从科学的角度，尚不清楚答案，她还举例到，HIV病毒的大流行同其起源地并不一致。“追溯一种病毒的起源是非常有挑战的工作，它需要我们有独特的视野，全球科学家通力合作，当然也需要更多的时间。
”石正丽表示，“我们在湖北省监视蝙蝠中的病毒已经很多年了，并未发现武汉或湖北的蝙蝠携带有新冠病毒或相关病毒。因此，我不认为新冠病毒是在武汉或湖北由蝙蝠传播给人的”。
至于新冠病毒是否最早来自华南海鲜市场，石正丽表示，已知最早的几例患者并没有华南海鲜市场接触史，虽然在华南海鲜市场的门把手、土壤以及污水中检测到了新冠病毒的核酸，但并没有在这里的冷冻动物组织中找到新冠病毒的核酸，“华南海鲜市场可能是早期新冠肺炎聚集性暴发的一个场所。”“新冠病毒是否来自为华南海鲜市场提供肉类供应的农场？”《科学》杂志在访谈中追问到。
“我们以及华中农业大学在收集武汉及湖北其他地方农场样品时，没有在这些样品中检测到新冠病毒的核酸。”石正丽回复道。武汉的新冠肺炎病例是否最早可以追溯到2019年12月1日，甚至更早？石正丽表示，“我并没有参与这项流行病调查，因此不了解情况，我们研究所最早于2019年12月30日收到了不明病理原因肺炎的临床样本”。
很多人认为武汉病毒所可能是新冠病毒的来源，美国总统特朗普也认为高度可信新冠病毒来自实验室。“对于这一观点，它们有无影响到你的实验室或个人？”《科学》杂志提问道。石正丽表示，在2019年12月30日收到临床样本后，他们与国内其他研究所快速启动了这项研究工作，并鉴定出病原体。1月12日，新冠病毒完整的基因组信息提供给了世界卫生组织，而在此之前他们并没有接触过这种病毒，更不知道它们的存在。
“就在全世界科学家一致性地认为新冠病毒来自自然界而非实验室，美国总统特朗普认为新冠病毒是我们研究所泄露的，这完全罔顾于事实。它影响了我的科研工作以及个人生活，他欠我们一个道歉。”石正丽表示。事实上，特朗普政府并非仅仅说说而已，他们也对石正丽进行了相应的“惩罚”。美国NIH通知与石正丽有合作的EcoHealth Alliance组织停止继续向她提供经费支持。
NIH副主任Michael Lauer给出的理由是，“当下，NIH并不认为这一研究项目的结果与整个项目的目标以及优先级一致”。在新冠肺炎大流行的局面下，通过蝙蝠了解新冠病毒来源的研究工作显然很重要，而非停止这方面的国际合作。“新冠肺炎大流行，让我意识到我们工作的重要性，以及有必要继续深入研究。如果我们可以做更多的基础研究，在疫苗、药物上的技术开发，我们将能够更好地应对”。石正丽表示。