转基因作物的生态风险包含五个方面，每个风险有多大，怎么管控，如何建构一套环境风险产业化管理模式？在转基因作物带给人类益处的同时，如何平衡与管控环境风险，亦成为公众关注的焦点话题之一。
环境生态
5.1 基因漂移与野生稻的保护
中国社会公众对环境的担忧主要在哪些方面？更多地关心食品安全性。中国人关心食品、子孙问题。欧洲人关心环境问题。关于生态环境，首先要考虑种植转基因作物的风险来自哪里？
第一个风险来自基因漂移。种植的棉花里的转基因会不会漂移到野生棉去，这个风险存不存在？风险是存在的。比如陆地棉起源于美洲，美洲的基因漂移风险就非常高。因为中国没有野生棉，所以不存在基因漂移风险的问题。但水稻、大豆都起源于中国，所以还是存在基因漂移风险。美国人如何管控这个风险？
美国搞转基因抗虫棉的时候，在美国地图上划了几个区，比如不允许夏威夷种植，高速公路段围成的区域是野生棉的保护区，明确界定在这个区域内种植任何商业化转基因棉都是违法的。这是美国管控基因漂移风险的一个方式。
除了转基因作物，保护区内也不允许种植普通、常规作物。第二个风险是对生物多样性的影响。一个生态系统有植物、昆虫、微生物，还有鸟类，这是一个食物链。
如果整个生态系统都变成转基因的，那么很多生物都没法活下去，后面的链条势必受影响。第三个风险，害虫演替问题。任何作物，比如玉米、棉花都有害虫，过去可能是以某些害虫为主，现在由于种植抗虫基因品种，造成这些害虫的生存空间消失，势必要出现其他物种顶替，这个风险也是存在的。第四个风险，种植抗虫基因品种之后，尽管这个害虫不再侵害这个抗虫作物，但是它肯定要进化，产生抗性。这个风险也存在。
第五个风险，转基因作物的残枝落叶会不会污染水和土壤，比如转基因棉分泌的Bt蛋白进入生态系统后，被其他生物食用后有可能会影响种群。
这五个风险是基于科学层面的认知，都客观存在。所有的转基因作物产业化，必须要有严格的环境评估。在中国，转基因水稻从开始研发到现在大概经历了15年，首先分析每个风险有多大，怎么管控，形成一套环境风险产业化管理的模式，再在这个模式下进行管控。
实际上我们国家的转基因棉也是按照这个思路进行产业化。环境保护部门，可能更多考虑的是风险，我们可能更多考虑的是种植转基因作物的益处，所以我们应该试图将风险和益处做对比，找到平衡，管控风险。国际上也是这样的模式。现在基本达成共识了。
转基因棉经过这么多年，有没有实际存在的问题？风险是想象的，客观上有没有产生过风险？一是基因漂移问题。
因为中国没有野生棉，所以不需要对野生资源进行保护，但通过基因漂移，现在的中国棉花基本都是转基因的，即便是搞育种的非转基因棉，资源里也有Bt基因。第二是害虫的演替问题。现在棉铃虫减少了，但盲蝽象却增多了。但是盲蝽象的抗药性比棉铃虫要小得多，依靠农药还是可以解决。换句话说，一个大的问题解决了，但一个小的问题却在不断长大，比如真有一天农药防治不了盲蝽象。这个过程大概还需要十几、二十年。
第三，对生物多样性的影响。以前每年棉田里施用15次左右农药，现在降到大概5次左右，在农药大量减少的情况下，棉田生态系统中的生物多样性在增加。第四个，棉铃虫抗药性的问题。现在只有转基因棉花批准商业化种植，棉铃虫侵害很多作物，比如玉米上的棉铃虫，会对转Bt基因棉花田里的棉铃虫有抗性基因稀释的作用。
转基因棉花商业化17年，现在棉铃虫的抗药性，与17年前相比，出现一些变化，尽管可以检测到抗性基因，但目前这个基因出现的频率比较低，需要在新的抗虫棉中叠加新的Bt基因防止抗性的进一步发展。总体认为，在中国17年的抗虫棉商业化进程中，环境风险的管控是成功的。
简而言之，推广抗虫棉是利大于弊，对环境的影响是在可允许范围之内，严格来说不存在什么问题。
关于基因漂移问题有两个层次，一是向野生资源漂移，二是向常规作物资源漂移。地方品种或者栽培品种向野生资源漂移的问题不是转基因特有的，常规作物同样也会漂移。第二，基因漂移在水稻上不是主要问题。现在长期使用除草剂，大田里的杂草问题非常严重，这不是由于基因漂移，而是由于基因突变或进化出的耐受性，这两者远远不成比例。
第三，在稻田里如果使用了转Bt基因水稻，植食性昆虫数量会显著降低，但在生物链中还会有替代物种出现。农药在不断地更新，转基因技术也在不断更新，我认为这些问题都可以解决。
说到基因漂移，中国的确没有棉花野生种，但是水稻有，而且是很重要的资源。但不能说常规作物的基因漂移和转基因漂移是一样的，转基因是外来的基因，这个漂移是不同的。在基因漂移方面水稻比棉花要容易控制得多。
我们使用的抗虫水稻全是杂交水稻，只要把制种田控制好即可。即使未来发生基因漂移，生产出的稻米也会被全部消费掉。水稻制种技术非常复杂，农民根本不可能自己生产，必须是拥有资源的单位。实际上我们已经收集很多的野生稻的资源，科学界、政府等各个层面都在对野生稻进行保护。有的是原地保护，比如采取自然保护区的方式，有的是迁地保护，比如植物园。还有种子资源库，我们的资源库保留了几十万份，是世界第三大种子资源库。
所以，不能因为野生稻可能被污染而排除一个新的技术，都有保护措施。自然保护区的管理相当严格，在核心区种植算违法。自然保护区保护得比较好，但是很多实验区、缓冲区还是在开发。
5.2 农药，转基因：哪个更有毒？
现在中国生产农药为300万吨，我们国家土地上施用180万吨。种植水稻需要的农药用量大约是这个数量的1/6～1/5，可能还高些。现在总说，主粮转基因化有风险，但又提供不出科学根据。
如果转基因水稻实现产业化，仅抗虫方面就可以减少大约20万吨农药，这个结果已经发表在Science上，发表这个结果时，全国农药使用量大约120万吨，其中1/6左右用于种植水稻。总体来说转基因棉是成功的，我从来没有反对过转基因棉。但是不是说没有问题，还是有问题。吴孔明院长在Science发表的文章中讲到棉铃虫问题，这可能是最大的问题，棉铃虫减少了，但其他害虫出现了。
当然现在转基因棉已不需要用剧毒农药，但是还在用农药，技术上并没有解决这个问题。这一点对水稻的启发是，将来水稻也会出现这样的问题，种植的转基因水稻还必须用农药。但农药可以用得少很多。也不见得。美国种了十几年转基因作物，农药用量不仅没有减少，反而增加。种植转基因抗除草剂的作物全靠农药来消灭杂草，他们是把农药和种子捆绑一起销售。在中国，将来农药用量也是增加的，不是减少。
美国推广转基因作物后农药用量增加了，但是这个农药总量包括除草剂，除草剂不是传统意义上的农药。农药公司为了推广除草剂，才把除草剂和种子捆绑在一起销售。转基因抗除草剂的作物就是因为作物本身能够抗除草剂，才使用除草剂消灭杂草，这样就增加了除草剂的使用，降低杀虫剂的使用量。将来中国肯定也要发展抗除草剂作物，除草剂用量肯定会增大。例如施用草甘膦除草剂后，除了转基因抗草甘膦作物不死，其他的都死。
要的就是这个效果。草甘膦能够被杂草代谢为甘氨酸的代谢物，在自然环境中迅速降解掉。
6 转基因的决策机制与管理模式
目前政府在食品安全，包括风险和安全等方面与社会公众交流不够，不够透明，很多事情公众不了解。目前农业部已通过网络公开了农业转基因生物相关法律、法规、安全评价标准、指南、检测机构、安全委员会工作规则和委员会组成名单、安全证书审批以及相关安全评价资料等，但是现在还是以往的工作模式。
欧美国家则不同，他们讨论任何一个安全标准或者转基因评价项目，不管结果如何，都会在网上公布最后结果，告知公众在讨论什么标准，哪些方面的专家参加了讨论，这样公众就可以了解这个事情的进展。刚才提及一个很重要的问题，政府的监管以及政府制定政策的过程不够透明，没有得到足够的社会反馈和理解。虽然众口难调，没法采纳所有人的意见，但是政府应该多多听取公众的反馈，把大家的意见在政策里有所反映。
转基因问题不应该仅由农业部一家承担这个压力，可以由国家卫生和计划生育委员会、环境保护部共同来监管。事实上转基因工作也不仅仅是农业部监管，中国建立了由12个部门组成的农业转基因生物安全管理部际联席会议制度，负责研究和协调农业转基因生物安全管理工作中的重大问题。据Science报道，欧盟和美国的转基因食品管理模式不同。
美国的管理模式是在白宫副总统办公室下设一个办公室，专门协调农业部、环保局、FDA三家共同管理，而欧盟主要依靠农业部门主管运行。因而，社会公众认为美国的管理系统客观中立，而对欧盟的管理模式，公众认为农业部一定会替农业说话，使公众产生疑惑。所以，这主要与社会情况和管理方式有关。还有，美国一般比较容易接受新生事物，而欧洲人更保守。
美国的管理模式有两个要点：一是由3个部门共同管理，二是层次高，副总统直接负责。世界上转基因产业化成功的两个国家，一个是美国，达7000多万公顷，另一是巴西，4000多万公顷。一个是发达国家，一个是发展中国家，一个是副总统管，一个是总统管。转基因已经不单纯是技术工作，它涉及到经济、国际贸易、公众认知以及政治。这个问题应该由多部门参与。
所以，我一再建议应该由国务院总理或副总理一级的领导主要负责，协调各部门，当然农业部依然作为一个主管部门。农业部起主要作用和主要挂靠单位的负责作用，但国家层次必须由高的决策层参与。中国的转基因管理工作不是由农业部一家管理的，而是由相关部门共同参与管理。
除了前面提到的12个部门参加的部际联席会议外，国务院在2011年对《农业转基因生物安全管理条例》第四条进行了修改，要求“县级以上各级人民政府有关部门依照《食品安全法》的有关规定，负责转基因食品安全的监督管理工作。”
讨论应该是科学、理性、求实的，全面从国家利益考虑。这四点之后，对确实存在的问题，不要无限放大。现在所有的责任和任务都由农业部承担，如果农业部之上设置一个国家的协调机构，这样农业部的风险会降低很多，是明智的选择。