樊代明（中国工程院院士）科学强调客观存在的证据，而医学除此之外，还强调主观获取的经验。因此，按科学的办法学医从医都会遇到困难。医学的确与其他科学，比如数学，力学极为不同，各因素之间并非黑白分明，且相互转换，多数都是处于中间状态的相关关系，可称“灰色关系”。
这接近古代人的哲学思想，要顺其自然，认为混沌才是自然的，而经渭分明反而是非自然或反自然的。中医的整体观或阴阳五行学说就是一种混沌观或认识和解决混沌中出现问题的思想。因此，有些人狭义地认为中医不科学，其实西医也不科学，它本来就不应该是科学，至少不应该是纯粹的科学。
回顾这10多年MDR的研究活动，我们一直在想找到基因、蛋白或miRNA与耐药这种表型的直接关系，但结果没找到，也找不到，因为可能就不存在。它们之间是一个十分复杂的间接关系。只有认识了这种间接关系，我们才能在正确的研究道路上前进。因此，用科学的方法或直接的方法去研究医学中存在的大量的处于间接关系的问题是不可取的、是难以成功的，甚至得出的结果和结论是错误的。
因为直接反应的多为医学的表象，而间接反应的通常才是医学的本质。
自然科学追求常理，即必然性。但医学实践除了关注必然性外，还充满了偶然性，这是因为医学的研究对象和研究目的都具其独特性。诺奖得主、法国分子生物学家雅克·莫诺说：“生物学界的偶然性正是每一次革新和所有创造的唯一源泉”。医学教科书或专著记录的数以万计的疾病中，多数病因不详，近年发生的许多新发传染病，医生见所未见、闻所未闻，偶然出现，有时让医生甚至政府管理部门防不胜防。
人体是一个十分复杂的生物系统，用逻辑方法、线性理论这些常用的科学方法无法完全解释其中的种种变化，这已得到公认。比如在人体内发现了细菌感染，放到体外培养发现其对某种抗生素敏感，可将这个抗生素用到人体内却不显效。
反之，在体外发现细菌抗药，但用到体内有效，这两个极端的例子都是出现的偶然性，都是科学得到的结果与医学相悖的实证，所以用线性量化的科学思维方法来指导医学实践难以得到常在的必然性结果，反倒成了经常的偶然性。偶然本不该经常，但到了复杂的人体系统，各因素相互依存、相互影响；时而相生、时而相克；在一定条件下又发生相互转换。
科学是对世界各种现象的描述，并对其变化规律进行总结。
科学研究是将物质严格控制在一定空间和一定时间条件下进行的，因此，科学知识具有普遍性，科学方法具有客观性，科学理论具有严谨性。科学研究追求最为重要的是证据，没有证据就没有也不能进行科学理论的总结。医学除了上述要求外，强调得更为重要的是在与不同患者交往过程中的经验总结。这种经验可能缺乏普用性，甚至缺乏科学要求的严谨性，因为它因人而异、因地而异、因时而异。