研究方法应该是多元的，每位学人都可能有适合自己的方法，本庶佑的方法是其中很有特色的一元。本文摘选本庶佑关于求学、研究及创新等方面的观点，供大家借鉴参考。
我做了这么多年研究，一直都觉得做研究很快乐。我从没有感到痛苦而想要放弃研究的时候。不过，不管是谁，或多或少都曾考虑过自己生命的意义。有的人想赚钱，也有的人想把一生倾注在自己喜欢的事情上。人各有所好。因此，并不是所有的学生都成为研究者就是一件好事。我倒是希望大家不要做出错误的选择。也就是说，作为一名研究者，你要坚持下去的话，必须有“我很想弄明白……”这样强烈的原动力。
特别是在年轻人中间，有一种倾向，认为文章发表在有名的刊物上就是一流的工作。确实，以前日本的学者在顶级刊物上发表的文章不多。但是，与许多人的想象不同，真正一流的工作往往没有在顶级刊物上发表。这是因为，一流的工作往往推翻了定论，因此不受人待见，评审员会给你提很多负面的意见，你的文章也上不了顶级刊物。迎合时代风向的文章比较容易被接受，否则的话，需要花费较长时间才能获得认可。
京大有一个传统，那就是“与其第一，不如唯一”。这一点对于生物学研究来说非常重要。对于自己的发现，持续地研究下去，从那里扩展开来，世界就会变得很宽阔。这一点就是我做研究的乐趣。不是说我看到别人挖到了金矿，就马上跟进去凑热闹，成为众多淘金者中的一员，而是沿着自己已有的发现，持续地深挖下去。这样，反而是其他研究者会凑过来研究你的课题。
作为一名研究者，你要取得成功，最重要的一点，是在研究生入学时要选择好的导师。不能只道听途说，而是要把导师写的论文找来读，看看自己想要做的研究是否与之相符。你要把自己的一生当做赌注押下去，就要选择认真做研究的导师，无论这位导师是多么严厉。反过来说，认真做研究的导师就会成为好导师，会培养出好学生。跟随这样的导师学习对自己有益。其次，必须认真考虑自己想做什么。
我在京都大学读书时，很幸运地遇到几位我的人生导师。其中有早石修和西塚泰美。他们告诉我，不要相信已经出版的论文。西塚泰美对我说：“读论文时，先要认为它是错的。”怀疑是科学的起点。所有的论文都可能有错误的地方，你必须有怀疑精神，要自己去发现其中的问题。这是他们教导我应该具有的科学研究态度。这是非常重要的建议，尤其是对于很聪明的学生来说至为重要。
创新是一种结果。从异想天开的想法开始，其结果改变了世界。亚马逊、脸书刚出来时，大家都觉得“不可能成功”，“怎么可能赚到钱”，对它们嘲讽有加。在当时，谁也不曾料到它们会发展成为世界级大企业。现在回过头来看，那是一种创新。创新不应该由政府来指挥。由政府来指示要这样做或那样做，完全是愚蠢的。政府官员能想到的事情，其他人也都能想得到。象把火箭送上月球那样的计划，只要花钱就能做到的事情，绝不是创新。
现在日本的研究环境，与我刚从美国回来时（1974年）相比有天壤之别。现在有了很大的进步。整体的研究基础上来了，研究经费增加了，也出现了许多年轻优秀的研究者。这些都是非常好的现象。但是，非常遗憾的是，日本仍有不足之处。那就是，日本还缺乏健全的评价体系。当然，这不只是日本的问题，全世界都存在着同样的问题。特别是日本，可能是因为没有批判性评价的习惯，目前日本的评价体系并不高明。