科学在西方社会中扎根的最终原因必须在发展起来的科学和自然哲学的本性中去寻找。因此，考察中世纪科学和自然哲学的基本特征也是至关重要的。关于它们，有哪些方面使我们可以说，中世纪对于17世纪兴起的新科学做出了贡献呢？
如果不考虑医学，那么中世纪的科学可以恰当地分为精密科学（主要是数学、天文学、静力学和光学）和自然哲学。我将集中在自然哲学上。
尽管拉丁中世纪保存了精密科学的主要文本，甚至还增加了自己的东西，但我不知道有哪些源于这些著作的方法或技巧变化被证明对于科学革命是重要的。保存这些文本，研究它们，甚至撰写新相关论著，本身就是重要的贡献。这些活动不仅使精密科学保持了活力，而且显示有一群人在中世纪有能力在这些科学上开展工作。至少，精密科学的专门知识被保存了下来，这样新科学的那些哥白尼们、伽利略们和开普勒们才有东西可以研究和改进。
的确，如果没有这些东西，他们该做什么呢？然而在中世纪，自然哲学的革新要比精密科学多得多。较之精密科学，中世纪的自然哲学更能影响后来的发展。
自然哲学与精密科学在中世纪所扮演的角色截然不同。在自然哲学方面，我们关注的并不仅仅是对希腊—阿拉伯知识的保存，更关注如何将这种遗产变得最终有利于近代科学的发展。在第七章，我们描述了自然哲学的本质特征。现在我们来谈谈它与16、17世纪科学剧变之间的关联。
我还没有讨论自然哲学的一个重要特征，因为在此之前它还不甚相关。然而，在自然哲学与科学革命的关系这个更大的背景上，它极为重要。我把自然哲学称为一切科学之母。当亚里士多德的自然哲学传到西欧时，天文学、数学、几何光学和医学在希腊—阿拉伯传统中早已是独立的科学。作为“中间科学”，天文学和光学介于数学与自然哲学之间，它们有时被看作自然哲学的一部分。
而总是与自然哲学有着密切关系的医学，也是一门独立学科，至少从公元前5世纪起就是如此。中世纪大学有自己的医学院，便体现了对这种独立性的认可。
中世纪不仅流传下来历经数个世纪的传统自然哲学（其中许多以疑问形式写成），而且留下了一份非凡遗产，那就是相对自由的理性探索。中世纪的哲学传统是在大学艺学院中形成的。几乎从一开始，艺学教师就在尽可能地争取学术自由。他们试图保存和拓展哲学研究。艺学教师自认为是这门学科的守护者，他们力图将理性运用于物理世界的问题。艺学院的独立地位以及无数权利和特权使他们在中世纪获得了惊人的自由度。