斑马鱼中NgAgo实验未能证明韩春雨论文的可重复性

作者: 狄德罗

来源: 赛先生

发布日期: 2016-11-13 00:38:27

一篇关于NgAgo在斑马鱼中的实验论文未能重复韩春雨的基因编辑结果,多位科学家对此进行了点评,指出该论文并未提供新的证据支持韩春雨的基因编辑技术。

昨日(11月11日),自然出版社旗下英文期刊Cell Research在线发表了题为《基于NgAgo的fabp11a基因敲低引起的斑马鱼眼睛发育缺陷》的论文,通讯作者为江苏南通大学神经再生重点实验室副教授刘东。自韩春雨今年5月在《自然-生物技术》发表NgAgo基因编辑技术之后,这可能是第一篇通过正规途径发表的有关NgAgo的学术论文。

论文发表后,多位同领域科学家随即接受《赛先生》采访,对此论文进行点评。

多位科学家共同表示,该论文并没有重复出韩春雨实验的结果,没有观察到基因编辑现象。程临钊认为,这篇关于斑马鱼的文章讲的是基因敲低现象,很明显,这并没有为韩春雨报告的基因编辑技术提供任何新证据。他说:“该论文并不是对韩春雨文章的验证。”魏文胜称,这篇文章表明在斑马鱼中NgAgo不能造成碱基插入与缺失,仍然无法实现基因编辑。

谷峰则非常直接地表示:“这篇文章证明,韩春雨报道的基因组编辑工具NgAgo无法对斑马鱼基因组进行编辑。”

王皓毅评论,这是很有可能的,但是不做系统对照实验(control)的话,很难区分是gDNA单独起作用还是NgAgo在起作用,所以并没有确定的结论。他认为,在斑马鱼中观察到的可能是瞬时的基因敲低(knockdown)效果。

他本人实验室做过的唯一的功能相关实验是Hprt基因的敲除,但因6-TG(6-巯基嘌呤)的筛选实验过程比较长,可能观察不到瞬时敲低的效果,而CRISPR技术的敲除实验则有很明显的变化。

简单说来,我们的生命活动基本由蛋白质作为机器来完成(RNA的功能也正在越来越多地被发掘),根据中心法则“DNA-RNA-蛋白质”最简化的套路,如果想抑制某个蛋白的功能,可以从DNA、RNA、蛋白质三个层面进行调控。

在DNA或者基因组水平的调控是最彻底的,基因组编辑(genome editing)即对基因组上的目的基因进行删除、突变、或插入,历史上沿用至今的常用工具包括ZFN(锌指蛋白酶)、TALEN和CRISPR。在RNA层面的编辑最常用的是RNA干扰,通过抑制RNA的转录或者促进RNA的降解从而降低RNA水平,影响其翻译成蛋白质以及相关性状的发生,被称为“敲低”(knockdown)。

各位科学家一致表示,这篇研究斑马鱼胚胎发育的文章存在一些不严谨之处,比如主要结论的机制没有直接证据,有必要添加更多的对照实验。王皓毅说:“我理解的knockdown是三种可能:结合在DNA上去抑制转录,阻止转录起始或者转录延伸;或者结合在RNA上,直接导致RNA降解;或者结合在RNA上,影响或抑制RNA的翻译。

按照这篇文章的说法,他们猜测是第一种情况,即结合在DNA上抑制其转录,这篇论文数据虽然与这个设想一致,但没有提供直接证据确认这个机制。”

面对该论文,林硕、魏文胜等多位科学家均表示,同仁们应仍旧关注韩春雨发表在《自然-生物技术》杂志的数据。谷峰介绍说:“之前实名表示不能重复的科学家们已经停止了相关的重复工作,之前的阴性结果应该会于近期在学术期刊正式发布。

现在大家都在自己的领域继续做包括新型基因组编辑工具的研发和优化的工作。”魏文胜提出,要分清楚两个事情:一个是包括NgAgo在内的Agonaute蛋白家族本身关联的科学问题,里面有趣的分子机制和应用潜质值得研究者继续发掘;另一个是有关韩春雨论文的科学性及重复性问题,二者不能混为一谈。让科学回归科学。

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