许岑珂* 陈炯明虽然在第二次粤桂战争中再一次击败了陆荣廷，但是粤军伤亡极大，急需休整。这时候孙中山仍然坚持立刻北伐，遭到了陈炯明的坚决反对，因为广东无论从军力还是经济上说，都需要相当一段时间的恢复，这时候北伐无疑会给广东人民带来巨大负担。
孙中山和陈炯明的政治分歧此时显露无疑：孙中山眼中是全中国，而陈炯明眼中是广东一省；孙中山要建立一个大一统的中央集权的中华民国，而陈炯明则主张美国联邦那样的联省自治。所以孙中山可以出于全国的考虑来牺牲广东一省，但陈炯明则无论如何不愿意这样做。实际上，当时联省自治是南方军阀们比较普遍的政治态度，因为联省自治便于保持他们在地方上的权力。
而军阀眼中的联省自治制度，各省的权力甚至要高于美国的州，因为各省是要保留自己独立的军队的。由于孙陈二人有这样明显的政治分歧，后来的决裂也就成为必然。1922年4月5月，第一次直奉战争爆发。孙中山和已经下野的段祺瑞以及奉系军阀张作霖形成反直三角同盟。孙中山打算从广州北伐，南北夹击直系军阀。但是出乎孙中山意料的是，直系军阀曹锟和吴佩孚在很短时间内迅速战胜了奉系，奉系逃出关外。
这时候曹锟和吴佩孚的势力如日中天，吴佩孚以善于用兵闻名全国，并且后来还登上了美国《时代》周刊的封面。在第一次直奉战争中，直系军队几乎打败了所有的奉系军队。草莽土匪出身的奉军确实不是秀才出身的吴佩孚的对
尽管奉系军阀战败，但孙中山仍决定继续北伐，打倒北洋政府。失去了奉系这个盟友，孙中山北伐的胜算几乎是零。陈炯明当然依旧拒绝合作。于是孙中山罢免了陈炯明的职务，打算绕过陈炯明，直接说服粤军中的其他军官。陈炯明则离开广州，东迁到惠州。
1922年6月2日，孙中山在广州宴请粤军军官，但是绝大多数军官都不肯赴宴，到场的只有少数一些下级军官。孙中山的自尊显然受到了巨大的伤害，席间孙中山放出狠话：“我立刻上永丰舰，升火驶入东江射击你们，连你们的根据地也一并铲除！现在东江水涨，永丰炮舰可以直行驶入陈炯明的老巢！”不知道孙中山这些话是否真吓唬到了那些粤军军官。
1922年6月3日，由皖系安福国会选出的徐世昌已经被曹锟赶下了台，前任总统黎元洪又一次被直系抬上了总统的位置，继续当他的傀儡。但没几天，傀儡专业户黎元洪又一次被曹锟赶下了台。1923年10月，曹锟贿赂国会选举他自己担任了民国大总统。孙中山曾在担任非常大总统时明确表示过要和徐世昌一起下野。现在徐世昌既然已经被赶下了台，那么孙中山也就应该遵守诺言自动下野。
这时候不管是北洋政府，还是广州政府都几乎一致地希望孙中山下野，这样北伐也就不会发生，战争也就会避免。蔡元培、胡适等社会名流甚至联名请求孙中山下野，实现国内和平。但是孙中山居然拒绝履行承诺，不愿下野，让爱好和平的国人大失所望。这实际上让孙中山北伐的正义性受到了相当的质疑。为了向陈炯明的军队施压，1922年6月12日，孙中山召集广州各界开会。
席间孙中山当着各方记者说：“人家说我孙文是孙大炮，但这回大炮更是厉害，不是用实心弹，而是用开花弹，或用八英寸口径的大炮的毒气弹，不难于三小时内把他六十余营陈家军变为泥粉！”（《申报》1922年6月19日）。这话简直丧心病狂。而且以孙中山当时的实力，要剿灭陈炯明的全部军队是毫无可能的。孙中山后来东征陈炯明的成功，一方面依靠了苏联大量的武器援助，另一方面也依靠黄埔学生们的英勇奋战。
而此时孙中山手里还没有这两张王牌。另外，毒气弹是国际法禁用的大规模杀伤性武器，孙中山居然要在内战中对自己的同胞和昔日的同志使用，其暴力程度超过了中国之前的所有军阀混战。但是仔细想来，军阀之间原有的矛盾无非是抢钱抢地盘，只要得到了利益，并不一定要把对方斩草除根，所以北洋时期的中国军阀混战其实大多不算惨烈，也很少杀战俘。而孙中山对待军阀则真的是不共戴天、恨之入骨。
对孙中山而言，对军阀采取什么手段都是正常的。
孙中山的这些言论激怒了陈炯明的部下。陈炯明部下叶举等人于1922年6月16日包围了孙中山观音山的总统府，希望把孙中山赶出广州。当然，相比于扬言要用毒气弹的孙中山来说，叶举等人还是收敛得多。叶举并没有打算杀掉孙中山，甚至还让自己人打电话给孙中山，并且告知即将炮击总统府。最后放炮也是象征性的放几炮，并没有真正瞄准总统府。但是孙中山还是吓得逃出了总统府，移驾到了著名的永丰舰。
在永丰舰上的日子应该是孙中山内心最为痛苦的时候。这时候一个关键人物粉墨登场，这就是蒋介石。蒋介石听闻孙中山避难永丰舰后，从老家千里迢迢跑到永丰舰上和孙中山共患难。此时的孙中山几乎为全国所不容，甚至被自己一手创建的广州政府所抛弃，其内心的沮丧可想而知。蒋介石的千里护主无疑让孙中山感动无比，这成为蒋介石日后在国民党内发迹的起点。
1922年击败奉系后，曹锟宣布恢复《临时约法》和当年被解散的民元国会，召集在广州的议员们重新北上，重开国会。不久，民元国会在曹锟的贿赂下选举曹锟为大总统。在民主国家，国会是决定国家大政方针的工具，是国体的象征。所以国会在哪里，哪里就是正统。民元国会这个正统国会迁到了北京，那么北京的北洋政府就成了正统的政府，而孙中山的广州政府也就成了非法政府。北洋政府的法统已经成立，广州政府的北伐将毫无道理可言。
这时候的孙中山不仅仅被军阀赶出广州，而且在法理上居然也输给了军阀。
1923年1月，不甘心被陈炯明部下赶走的孙中山联合桂军、滇军和粤军中支持自己的许崇智部，讨伐广州的陈炯明。从清末以来，广东是中国最早通铁路和电报的省之一，其经济远超过偏远的广西和云南，所以桂系和滇系军阀都希望占领广东。孙中山联合滇桂两军进攻广东的这种行为无异于引狼入室。
1923年2月，孙中山第三次在广州组建政府。但是这一次因为没有了国会选举，孙中山已经不能再自称大总统，于是组建了陆海军大元帅大本营，自任大元帅。不出所料，孙中山无法兑现在战前对滇桂两军的经济许诺，那么滇桂两军也就以此为借口大肆搜刮广州百姓。而孙中山完全没能力控制如狼似虎的滇桂军阀。可见，革命的理想和革命后的建设是完全不同的两回事情。二十年代初的俄国已经是共产党治下的苏联。
但是当时苏联共产党的地位其实相当不稳，内有白俄反抗力量，外有英美大国的制裁。于是苏联非常需要对外寻找一个有力的盟友。在苏联的邻国里，中国是最大的一个。1921年，在共产国际代表马林的帮助下，中国共产党成立。苏联原本希望中共成为苏联在中国的利益代表，于是非常愿意给中共大量的援助。
但是当时的中共基本上是一个知识分子政党，是由陈独秀、李大钊等大学者组建的组织，并不是苏联希望的一个规模庞大的工人阶级组织，所以苏联需要在中国寻求另一个合作伙伴，其选择了实际上由直系控制的北洋政府。1922年，苏联派遣全权代表越飞到北京会见北洋政府，当时的北洋政府与苏联谈判的代表为顾维钧。外蒙古是苏联和北洋政府最难以谈拢的问题。
皖系执政期间，徐树铮曾率军进入外蒙古，但是直皖战争爆发以后，徐树铮率领大部分部队回国参战，只在外蒙古留下了少量军队。从1921年开始，苏联支持外蒙古独立，并且出兵赶走了驻外蒙古的北洋军队。当时深陷内战的直系北洋政府对此无能为力。1922年越飞会见顾维钧时，希望顾维钧接受外蒙古独立的事实。但是顾维钧非常坚决地要求苏联必须从外蒙古撤军，否则一切免谈，于是双方谈判破裂。
越飞只好去找自己的第二选择，也就是当时被陈炯明的叛军赶出广州，在上海郁闷蛰居中的孙中山。孙中山当时是全国各方势力的弃儿，英美等国家也选择了支持各地军阀而没有选择孙中山。在这种情况下，越飞和孙中山这两个意识形态相差悬殊的人走到了一起。
孙中山当时对于外蒙古的事情并不是很在意，因为外蒙古毕竟是在遥远的北方，离他所能影响的地方相去甚远，他最在意还是苏联能给他多少武器和卢布。孙越两人协商后，发表了一个《孙越宣言》，象征着孙中山和苏联合作的开始。在《孙越宣言》中，孙中山说明了苏联此时不必马上从蒙古撤军，这一点是苏联最为看重的。
与苏联的合作彻底拯救了孙中山。在后来的东征陈炯明、北伐吴佩孚、孙传芳、张作霖的战争中，苏联的武器、顾问，以及黄埔学生军都发挥了中流砥柱的作用。苏联对国民党的援助是有条件的，那就是让中国共产党员以个人身份加入国民党。这样一来，国民党吸收了大量的共产党员，比方说，毛泽东就担任了国民党的代理宣传部长。黄埔军校应该就是与苏联合作的最大成果。
建校典礼被孙中山选在1924年6月16日，也就是陈炯明部下炮击总统府的两周年纪念日。这暗示着一旦孙中山有了自己的军队，第一个打击目标不会是北洋军阀，而是背叛自己的陈炯明。在开学典礼上，孙中山要求学员们“从今天起，立一个志愿，一生一世，都不存在升官发财的心理，只知道做救国救民的事业。”当时的黄埔学生们的确做到了这一点。但人都不能免俗，后来这些学生们也免不了为了升官发财而斗得你死我活。
在黄埔军校之前，中国已经有了很多新式陆军学校。首先清末在各省都有配合新式陆军的讲武堂。北洋军阀也搞过非常成功的保定学校。相比于中国之前的各种军校，黄埔军校最大的特色就是军事教育和政治教育并重。除了教授军事知识和技能，还有多种诸如中国革命史、帝国主义侵略史等课程，让黄埔学生（至少早期的黄埔学生）个个都是热血青年。在政治教育中，苏联的红军经验功不可没。
在黄埔的政工教员中，有相当多的中共党员，比方说黄埔军校政治部副主任就是周恩来。当时中国的各个军阀队伍其实都看到了士兵意识形态的重要性，各地军阀纷纷寻找各自的意识形态来统一军队思想，其形式可谓五花八门。比方说，隶属直系的西北军冯玉祥号称基督将军，其军队有随军牧师，类似于指导员。因为迷信基督教，冯玉祥甚至要排斥一切其他宗教，在他地盘上灭佛。而湘军唐生智是佛教将军，其手下士兵必须皈依佛门，每天念经诵佛。
相比于这些宗教信仰控制的军队而言，苏联的红军模式还是要更先进有效一些。