在余㵑奠基并大力开拓的中国免疫学与微生物学领域，他奋战到了最后一刻。
上海交通大学医学院的西区有一条爬满紫藤的长廊，是几乎出现在所有医学院微电影中的取景地。长廊以南是图书馆，以北是列入上海市保护建筑的老红楼。就在老红楼靠长廊的一侧，矗立着一位前辈的塑像。
1903年，余㵑生于乱世，国无道。大清日薄西山，沙俄增兵东北，倭寇垂涎辽东，英军入侵西藏……处处硝烟，不一而足。望帝都，东交民巷洋人当道，圆明园里灰烬满地。这已经是最坏的时代，却未尝不是最好的时代。
1919年，余㵑学医肇始。他16岁考入国立北京医学专门学校，正是新青年挥着“五四”大旗登上政治舞台的那年。余㵑义无反顾地走上街头，和游行的大学生一起向列强的卑鄙、向北洋的羸弱怒吼！
1927年，余㵑赴美深造，进入哈佛大学医学院深造。在哈佛期间，余㵑师从著名细菌学家和免疫学家秦思尔。1929年，余㵑完成了题为《白喉杆菌抗菌免疫和抗毒免疫不同质研究》的博士论文，成为中国首位细菌学博士。
回国后，余㵑在中央防疫处短暂供职，不久他便前往上海雷士徳研究院。1933年～1940年在雷士徳研究院的这7年，同样是他一生中的重要时期。
1952年，上海第二医学院诞生，余㵑就任微生物学教研室主任。1958年，抢救工人兄弟邱财康，余㵑带着学生们翻遍了文献，才找到一条用噬菌体解决感染问题的途径。
1979年，余㵑在二医创建了我国第一个免疫学研究机构——上海市免疫学研究所并出任所长。1988年5月20日，余㵑在上海去世，享年85岁。