不论是国内还是国际学术界，都对目前的中国科技体制褒贬不一。中国科技体制改革因此成了政府和科学界迫在眉睫的议题。“深化科技体制改革”也被写进了2013年的中国共产党十八届三中全会的公报中。随后不久，习近平主席在对中科院的考察中，进一步强调了科技体制改革的重要性，指出实施创新驱动发展战略，最紧迫的是要破除体制机制障碍。虽然被提上政府的紧急日程，但中国科技体制改革仍然前路漫漫，面临诸多挑战。
本文将分析科技体制改革所面临的一些障碍并探讨实施改革所必须采取的一些措施。
中国的科研院所之间历来缺乏合作以及资源共享。科研经费申请体制不足导致科研项目的碎片化和重复资助;落后的高等教育体系仍以学科为基础，灵活性太小，难以培养出创新型思维。此外，由于缺乏相关的激励机制，能投入应用并有经济产能的研究十分稀缺。为了解决这些问题，教育部和中科院等联合，致力于建立起融合多个研究机构的协同创新中心。
尽管现在评判这些中心的成效还为时尚早，但为了保证科技体制改革的成功，几个基本的议题值得我们进一步讨论。
虽然科学和技术在中文里通常被孪生兄弟般合而为一，仅用“科技”一词表示，但是它们之间的差异却是不容忽视的。尽管政府投入研发的总经费在增长，但对于基础科学的投入仅占5%，这比发达国家的比例(10%-25%)要低得多。国家对于应用型研究的经费倾斜和对于基础科学研究长期的、持续稳定投入的不足，将会对科学界的长期整体发展带来不良影响。
政府最近宣布的包括对于组织管理、资源配置和科技评价在内的全面科技体制改革着实让科学界为之振奋。然而，科学界需要有效的监督机制来保证科研经费的分配是基于科学价值和同行评议的。新的科研经费分配管理体系必须能够根据基础科学和应用型研究的不同特点做出有针对性的调整，不能简单地实施“一刀切”。尽管应用型研究能够在短期内满足社会需求，但是对于基础科学进行强有力而稳定的资金支持尤为重要。
因为基础科学领域包含众多受好奇心驱动、研究人员自主领导的小型项目，这些项目为培养创新型人才提供了优良环境，能够充分调动科研人员的积极性，激发其创新活力。
为了响应习主席提出的科技体制改革的号召，中科院正率先带头进行自其创立65年以来最大一次的机构改革。其中包括对中科院下属的100多个研究单位进行重新定位，划归为四类：以基础科学前沿研究为重点的卓越创新中心、以解决重大应用研究问题和满足市场需求为主要目标的创新研究院、以国家重大科研项目为重点的大科学研究中心和以国内及地区性科研需要为目标的特色研究所。
目前中国科技体系里创新匮乏的问题应被放到一个更广阔的背景下来讨论，包括对高等教育体系的思考。关于这个问题，“钱学森之问：为什么中国的教育培养不出大师”在前不久引发了一轮激烈的辩论。中国的应试教育强调书本知识而忽视创新性思维，这一点常被诟病。同时，大学教育改革不应仅限于针对培养学生创新精神及能力的教育方法改革，还应包括对大学人事任免和行政体系的改革和治校理念的建设。
考虑到科技体制改革任重而道远，成立一个由科学界资深专家组成的“国家主席科技顾问委员会”似为可行之举。作为政府的“智囊团”，顾问委员会帮助政府制定相关的政策和改革的具体措施，并对改革的具体实践提供及时的评估和调整。目前自上而下的“管理”模式需要向开放协同的“治理”模式转变，从而保障上层能够及时从科学界获取反馈信息，做出相应的调整，更好地实施改革。
最后，政府对基础科学研究的投入尤为关键。这不仅是为了提升中国对全球科学发展的贡献，也是为了打通从科技强到产业强、经济强、国家强的通道，进一步弘扬技术创新和经济发展。古语云：“授人以鱼，不如授人以渔。”中国的基础科学发展是整个科技体系可持续发展的关键，也是整个国家长期繁荣的保障。