青蒿素的发现是在一个相当复杂的社会文化环境中完成的。由于特殊的时代背景，有关青蒿素的发现及其成果的评价存在着诸多争议。这既反映出青蒿素发现的成果评判不会因为一个国外的评奖而终结，也表明人们对重大科技发明及其社会文化影响的关注依然具有重要的现实意义。
本文利用档案、会议纪要、人物访谈资料以及日记等原始文献对青蒿抗疟有效粗提物、青蒿抗疟有效单体的发现与提取过程以及相应的临床验证、青蒿素结构测定过程进行了较为详尽的回溯，希望尽可能重构历史的原貌，同时也阐明青蒿素作为一个天然化合物发展成为一个抗疟新药，是一个系统工程，是多人、多机构共同参与、协作研究的成果。
因此，对青蒿素成果的评价应在充分考察当时的科研组织与管理架构、科研人员具体研究活动的基础上进行，才能更为全面、公正。
2011年9月，青蒿素的主要研发者之一——屠呦呦获得拉斯克临床医学奖后，青蒿素的发现历史及其成果评价再次引起了国内外众多学者的关注。在此之前，有关青蒿素成果的争议便已存在，也有对青蒿素发现历史评价的相关报导及文章。笔者在《“523任务”与青蒿抗疟作用的再发现》一文中对此进行过论述。
拉斯克奖获奖名单公布前后，再次引发了国内外杂志、媒体等对青蒿素发现评述的热潮。美国学者米勒(Louis H. Miller)等人在《细胞》上撰文认为：“由屠呦呦和她的同事们一起研发的抗疟药物青蒿素……从上个世纪90年代末以来，青蒿素作为治疗疟疾的一线药物挽救了无数的生命，其中大部分是生活在全球最贫困地区的儿童。
……经过深入的调查研究,我们毫无疑问地得出结论：中国中医科学院北京中药研究所的屠呦呦教授是发现青蒿素的首要贡献者。1969年1月，屠呦呦被任命为北京中药研究所“523课题组”的组长,领导对传统中医药文献和配方的搜寻与整理。1981年10月，屠呦呦在北京代表“523项目”首次向到访的世界卫生组织研究人员汇报了青蒿素治疗疟疾的成果。
”此后，该文的作者之一苏新专在接受媒体采访时表示：“523项目”是一个庞大的计划，有很多人做了贡献，这毋庸置疑。但此次评奖关键看三个方面：一是谁先把青蒿素带到523项目组。二是谁提取出有100%抑制率的青蒿素。三是谁做了第一个临床实验。他认为美国人颁奖主要注重科学发现的思维而不在乎是谁做的，因为想法来自屠呦呦，所以奖就是颁给屠呦呦而不是给她小组亲自做实验的人。
苏氏的“三个第一”成为有代表性的观点得到了一些学者的认同。
北京中药所自1972年年底从中药青蒿中分离到不同的结晶之后，1973年便开始对青蒿素Ⅱ进行结构测定，屠呦呦的小组确定青蒿素Ⅱ为白色针晶，熔点为156~157℃，旋光[α]17D=+66.3(с=1.64，氯仿)，经化学反应确证无氮元素，无双键，元素分析为(C63.72%、H7.86%)，又利用自己单位与其他单位的仪器分别做了四大光谱的测定，明确其分子式为“C15H22O5”，相对分子质量为282，后在北京医学院林启寿教授(已故)指导下，推断青蒿素Ⅱ可能是一种倍半萜内酯，属新结构类型的抗疟药。
当时由于北京中药所化学研究力量和仪器设备薄弱，难以单独完成全部结构鉴定研究，而国内做这类化合物研究的人比较少，后来他们查文献发现中国科学院上海有机化学研究所(以下简称有机所)的刘铸晋教授对萜类化合物的研究有较多经验，于是派人与有机所联系希望能一起协作做青蒿素Ⅱ的结构测定。为此屠呦呦携带有关资料到上海与有机化学所联系，由陈毓群同志接待，1974年1月由陈复函同意中药所派一人前往共同工作。
青蒿虽然在1967年就被列入“523任务”的中草药组的研究计划，很多实验室也曾做过青蒿提取，但是都没有什么进展;1970年北京中药所的余亚纲将青蒿列为研究重点，青蒿的乙醇提取物已经取得60%~80%的抑制率，但因他在当年年底被调往气管炎组而终止。1971年，屠呦呦用乙醚提取出青蒿抗疟有效粗提物，抑制率提高到99%~100%，并在1972年的南京会议上报导了这一结果。
由于此前余亚纲等所做的青蒿提取物抑制率比较低，因此，屠呦呦在青蒿抗疟有效单体——青蒿素的发现中起到了关键作用，是获得青蒿粗提物对鼠疟、猴疟有100%抑制率的第一人。然而，说“她第一个将青蒿素引进523任务”并不确切，因为最初提取到抗疟有效单体的是钟裕蓉。
屠呦呦参与了青蒿Ⅱ的初次临床验证，但当时的临床验证效果欠佳，尤其是未能证明其治疗恶性疟有效，而李国桥等用云南药物所从黄花蒿中提取到的有效单体黄蒿素进行的临床验证，肯定了该药对恶性疟的疗效，这在确定青蒿素为有效抗疟药物的研发过程中起到重要作用。