在玛雅的大城市奇琴伊察，处处都有仪式性献祭的痕迹。在古城著名的球场附近，一幅雕塑描绘了被砍下的头颅和喷溅的血液。在60米宽的圣坑（Sacred Cenote）里，发现了数百具受害者的遗骸。现在，这座城市最年轻的受害人的古DNA又为历史填补上了一页。一项发表于《自然》的研究分析了数十个儿童和婴儿的基因组分析，这些遗骸来自墨西哥遗址的一处地下密室。
研究发现他们都是男孩，而且近亲的数量多得惊人，包括同卵双胞胎。
研究共同作者Oana Del Castillo-Chávez说，她是墨西哥尤卡坦国家人类学与历史研究所的生物人类学家。她补充道，来自圣坑的遗骸包括了男孩和女孩，而奇琴伊察或其他古玛雅城市都没有近亲献祭的证据。本次研究中的年轻受害者和如今生活在奇琴伊察附近的人有很近的亲缘关系，他们基因组中携带了一些变化，可能与祖先在16世纪受到的流行病感染有关。
定期献祭奇琴伊察是古代玛雅文明最重要的城市之一，尤其是在公元800-1000年，当其他地区都陷入了衰退。在奇琴伊察，仪式性的儿童献祭似乎是一项定期活动，但这一习俗的许多方面都还不明确。Del Castillo-Chávez和同事分析的儿童遗骸，是上世纪60年代在靠近圣坑的一处称为chultún的地下密室发现的。这些遗骸没有暴力痕迹，但它们是作为一座神庙的一部分被发现的，现已被建筑工程损毁。
研究团队从chultún埋葬的约106具遗体中的64个头骨中获得了古基因组数据。放射性定年显示，这些儿童是在公元7世纪到12世纪中期被献祭的。除了发现所有受害者都是男孩，基因组数据还表明chultún四分之一的人有一级到二级亲属关系——可能是兄弟姐妹或表兄弟姐妹，其中包括两对同卵双胞胎。研究者认为，双胞胎和近亲的出现，可能与玛雅神话中涉及双胞胎形象的仪式有关。
这些儿童的基因组是首批欧洲人到来前的玛雅人基因组，这还为殖民时代传染病如何影响墨西哥原住民带来了线索。研究者发现，有些参与识别病原体的基因版本（称为HLA等位基因），在现代玛雅人中变得常见，而另一些则变少见了。这可能是自然选择的证据。一种和对抗严重沙门菌（Salmonella）感染有关的HLA等位基因变得常见了两倍。