今年6月1日，中国科学院学部正式成立60周年。回溯学部的筹备和建立，不能不提到一个机构——院务会议秘书处。这个机构从建立到撤销虽然不到两年半的时间，却承担了筹备学部的许多具体工作。秘书处曾经是院部机构中举足轻重的一个机构。由于秘书处的成立，中国科学院撤销了计划局；1956年元旦秘书处改称学术秘书处后，还取消了院办公厅。1956年7月，院部机构再次调整，撤销学术秘书处，恢复办公厅和计划局。
回顾秘书处的建立与撤销，不仅有助于我们了解学部建立等重要史实，而且有助于我们认识和理解中科院的体制特点。
院务会议下设秘书处，是学习苏联科学院体制的直接结果。苏联科学院是苏联的最高科学机关。该院以院士为核心，建立其领导体制。以全体院士组成的院士大会是苏联科学院的最高决策机构，由院士大会选举产生苏联科学院院长和主席团。主席团下设学术秘书处，由一名秘书长和若干学术秘书组成。
1953年中国科学院代表团访苏回国之后，为了改变院部以行政领导为主、学术领导薄弱的状况，决定吸收苏联科学院的管理经验，在院务会议下成立秘书处，遴选若干科学家担任学术秘书，并选聘优秀科学家建立学部，分学部对下属研究所进行学术领导。
建立学部，首先必须遴选组成学部的优秀科学家——时称“学部委员”。首批学部委员的推选，没有采用苏联科学院院士自主选举的办法，而是借鉴了中国科学院专门委员会聘任的办法，即以专家推荐为基础，经过多次协商，从而选聘学部委员。学部筹备的具体工作即由学术秘书处和各学部开展，相应分为四组。各学部的推选工作由各学部组织实施，并由钱三强秘书长负责，党组书记张稼夫全面领导学部委员的遴选工作。
秘书处作为院务会议决策的重要助手和全院科研学术工作的组织领导者，还做了大量的其他学术组织工作，如筹划中国科学院的研究生教育工作，起草《中国科学院研究生暂行条例》，为有关工作打下了良好的基础；起草了中国科学院历史上第一部《中国科学院章程草案》；组织了大量的学术活动，召开了一系列学术会议；检查各研究所的科研工作；组织制订中国科学院的研究计划等等。
中国科学院办公厅原设有秘书处，不过那是一个从事文秘工作的办事机构。而院务会议秘书处则是与办公厅平级的机构，以学术组织工作为主要职责。为了加强秘书处的职能，1955年4月23日，第21次院务常务会议决定办公厅文书处与秘书处办公室合署办公，由秦力生副秘书长领导。
7月21日，第31次院务常务会议决定对院部机构调整作出决定，合并办公厅与学术秘书处，作为院长、院务会议在学术方面的综合调查机构及学术行政工作的办事机构。
1956年体制调整之后，中国科学院形成了党组、院长副院长、正副秘书长为第一层次，学部与人事局、国际联络局等职能局为第二层次，各研究所为第三层次的组织领导体制。这一体制，可以说是在党的一元化领导体制下中国科学院的创造。为了加强党的领导，不仅原来以科学家为主的院务会议秘书处蜕变为以行政领导为主的秘书长制，而且学部的性质和职能自学部建立起长时期不能明确，科学家的学术领导作用难以落实。