2月25日，中国疾病控制预防中心主任高福及同事在预印本平台Research Square发布了一篇分析武汉华南海鲜市场新冠病毒来源的最新报告。这篇尚未完成同行评审的预印本论文显示，2020年初采集自华南海鲜市场的1380个环境和动物样本中，73个环境样本新冠检测阳性，大多来自市场西区；来自18个物种的457个动物样本均为阴性。
从阳性环境样本中分离出的活病毒与武汉早期确诊病例携带的新冠病毒核酸相似性达到99.98%~99.993%。研究者认为，现有证据无法将市场中的动物与新冠病毒关联起来，病毒很可能来自市场中的人；2019年12月病毒可能已经在市场内传播了一段时间，并通过涌入市场的顾客和被污染的环境进一步扩散。
华南海鲜市场位于湖北省武汉市江汉区，距离武汉市主要交通枢纽之一的汉口火车站仅有800米，占地面积超过5万平方米，共开设了678个商铺，分为东西两个区域。西区主要贩卖海鲜及动物，东区主要贩卖家畜肉类。
论文显示：市场有10个商铺出售野生动物，其中8个位于西区的西南角，2个位于东区的西北角；根据销售记录，2019年12月底这些商铺出售的动物货品包括蛇、禽类（鸡、鸭、鹅、野鸡和鸽子）、梅花鹿、獾、兔子、竹鼠、豪猪、刺猬、蝾螈、大鲵、湾鳄和暹罗鳄等，其中蛇、蝾螈和鳄鱼存在活体交易。
2020年1月1日，华南海鲜市场在武汉市出现多名“不明原因肺炎”患者后关闭。
中国疾病控制预防中心组织了一支流调队伍，与湖北省和武汉市疾控专家共同前往市场，自关闭当日起至2020年3月，对市场内部和周边环境、市场内的动物、流浪动物和粪便取样并进行了新冠病毒核酸检测。报告显示，市场内和周边采集的923个环境样本中，73个样本新冠病毒核酸阳性，其中64个阳性样本来自市场内部环境，5个阳性样本来自市场关联的仓库。市场周边区域的51个污水井中，3个检出阳性。
此外，研究者还在武汉其他市场的30例环境样本中发现了1例阳性。
市场西区是内部阳性环境样本的主要来源地，超八成（56/64）阳性样本均取自该区域，并且大部分来自1-8号街。研究人员将阳性环境样本与商铺对应后发现，市场内21个商铺存在新冠病毒污染，其中19个位于市场西区，2个位于市场东区。此外，来自市场内下水道和污水井的110个样本中24个呈阳性。
报告认为，这些证据提示新冠病毒在2019年12月已经在市场内传播了一段时间，可能通过涌入的顾客和被污染的环境进一步扩散；被污染的污水处理系统可能在市场聚集性疫情中发挥了一定作用，也有可能是市场内感染的人类污染了下水系统。
本次调查的457个动物样本来自18个物种的188只动物个体，收集时间从2020年1月持续至3月，主要取自商铺冰箱内保存的未出售货物、市场关联仓库和冷库内的货物，以及市场内的流浪动物（猫、狗、大鼠、黄鼠狼）。报告显示，所有动物样本核酸检测均为阴性，研究者认为这提示着市场内动物感染新冠病毒的情况可能较为罕见。
这份报告还发现，从2020年1月1日市场内部环境样本中分离出的活病毒，与疫情早期临床发现的毒株高度相似。据悉，活病毒来自3份阳性地面和墙壁样本，其中两份样本取自出现确诊病例的商铺地面。
全基因组测序发现，从地面样本中分离出的活病毒与2019年12月26日在武汉采集、来自人类的参考毒株HCoV/Wuhan/IVDC-HB-01（WH01）基因相似度达到99.993%，与2019年12月30日在武汉采集到的人类毒株Wuhan-Hu-1的遗传序列完全一致；另一类从墙壁样本中分离出的病毒存在两个额外的同义突变，与参考毒株的基因相似度达到99.987%。
研究者还发现，市场环境中的新冠病毒分属两个早期演化谱系S与L，其中S谱系更为古老。此外，市场环境中的新冠病毒丰度与人类数量密切相关。作者认为这很可能证明了华南海鲜市场中的病毒源自人类；而动物样本均未检出病毒核酸，说明目前缺乏将病毒与动物宿主联系起来的证据。
2020年1月底，央视新闻曾报道过中国疾控中心在武汉华南海鲜市场的病毒溯源进展。当时的报道显示，专家组于1月1日和1月12日采集了两批样本，分别来自病例相关商户街区的环境样本，以及野生动物贩卖商铺。585份样本中阳性样本33份，分布在市场上的22个商铺和1个垃圾车，其中93.9%（31/33）阳性标本分布在华南海鲜市场的西区；研究人员成功从环境样本中分离出新冠病毒，证实该市场内存在大量新冠病毒。
这份新报告指出，华南海鲜市场相当于一个“放大器”，每日涌入市场的大量人群导致了疫情早期的多处聚集性感染。研究者还表示，尽管华南海鲜市场被怀疑是新冠疫情的源头，但不能排除外部人-人传播或冷链传播将病毒带入市场的可能。此外，考虑到多个国家在2019年采集的样本也出现了新冠病毒核酸阳性，一些样本的检出时间比武汉首例样本更早，病毒在其他国家和地区的传播有可能被忽略，未来的溯源工作仍需要更多的国际合作。