现在的科研经费预算管理方式太细，用管工程的方式对待基础研究，不对。中科院生物物理所所长徐涛委员对目前基本统一的预算编制模板和定额标准有意见。目前国家在科研经费支出科目、预算定额等方面没有一套科学合理的标准。应根据科学研究的性质不同，制定相应的预算科目和定额标准，进行分类管理，例如工程、实验、理论、社科等大类。
徐涛认为，因为没有好的标准，项目负责人只能凭“经验”进行“估计”，对预算编制和评估缺乏前瞻性、科学性、规范性和可操作性。监督评价机制也缺乏，更缺乏对科研投入效果和效率的有效问责机制。徐涛提出“宽预算、重决算、严审计”的思路，在预算阶段可以尝试分类指导、总量控制、科目类之间允许一定比例的微调，原则上应“宜粗不宜细”。
决算时应增加对科研经费使用效益的有效考核和评价机制，审计时则重点评估经费使用的真实性、合法性。时机成熟时可以引入科技工作者‘诚信档案’制度。徐涛认为，科研经费使用情况的考核评价记录可以成为科研人员后续申请项目的参考依据。