进化一定意味着进步吗？日常生活中我们有时会用到“进化”这个词，大多数情况下这个词都含有“进步”的意思。然而在生物学上，进化并不意味着进步。进化，简单来说，是指“生物在一代又一代的长期传代中其形态等特性发生了变化”。这种变化也可能是“退化”，那也属于生物学上所说的进化。例如蛇，它们的祖先原来是有脚的，现在已经失去，这也是进化。
从分子层面上看，所谓进化，其实是“作为生命设计图纸的'基因组'在生物长期世代相传的过程中被修改了”。这种叫做基因组的图纸就隐藏在细胞的内部，生物体则根据这种基因组的信息来构建自己的形态，实现自己的所有功能。子代的基因组虽然是由其父母各自基因组的一半组合而成，也就是复制了父母各自基因组的一半，但是这种复制品也会走样，某些部分与父母不同。
进化是分两步进行的。第一步，个体的基因组中出现了不同于双亲基因组的“被修改部分”。结果，构成个体的蛋白质的形态发生了变化。这种修改叫做“突变”。第二步，具有这种突变的个体的数量在群体中所占的比例或者增大或者减小。突变以这种方式在种群中增加或减少的全过程就是进化。
突变按其后果可以分为三大类。
第一类是对于生物生存和遗留下后代具有不利影响的突变，第二类是有利的突变，第三类是无所谓有利和不利的突变（中性突变）。例如，血液中的“血红蛋白”是一种负责输送氧气的蛋白质，如果它发生了突变，将会使出现这种突变的个体失去保证生命活动所必需的功能，个体就无法生存。发生这种对于“生存和繁殖不利的突变”，出现突变的个体不会留下后代，因而这种突变不会导致进化。不利突变随时间而被淘汰的这种过程叫做“负选择”。
经过若干次传代能够保留下来的突变，也就是说对于进化作出贡献的突变，大多属于对于“生存和生殖有利的突变”和“中性突变”。这两类突变，有一部分能够在生物种群中扩散开来，于是这个生物种群就出现了进化。对于生存和生殖有利的突变在种群中扩散开来的这种过程，叫做“正选择”。同时，中性突变运气够好的话，也会在群体中广泛传播。