自古就有的咖啡有害论。咖啡树在叶的根部开出白色的花朵，结出火红色的果实。每个果实中通常含有2粒种子。这就是新鲜的咖啡豆，俗称“生豆”。咖啡是当今全世界人们普遍饮用的饮料。但是，咖啡是否对身体有害的担心也与其受欢迎程度一样与日俱增。实际上，这种担心并非现在才有。早在17世纪的英国，人们就曾怀疑咖啡会导致出生率下降。18世纪，瑞典王古斯塔夫三世为了证明咖啡对人体有害还进行了人体实验（最终并没有证明）。
19世纪末，美国流行起用由谷物的壳制成的“咖啡”来代替真正的咖啡。咖啡能够驱除睡意、使人兴奋。直到1819年，人们才发现，这原来是咖啡中含有的“咖啡因”导致的。德国化学家费里德里希·费赫迪南·伦格（Friedlieb Ferdinand Runge，1794～1867）成功从咖啡豆中提取到了咖啡因。咖啡中含有几百种成分，咖啡因只是其中的一种，是一种氮化物（即生物碱）。
不仅咖啡果内含有咖啡因，咖啡叶里也有咖啡因。咖啡因会溶解进土壤里，妨碍其他植物的生长。并且，对昆虫和蛞蝓等动物而言，咖啡因还可能是一种毒素。咖啡因会呈现出一种特有的苦味。但这种苦味仅占咖啡苦味的1～3成左右，其他的苦味则几乎都来自咖啡中的另一种成分——绿原酸。另外，在烘焙前后，咖啡因的含量几乎不会改变。大量摄取咖啡因会引起不安、失眠、手足颤动、心悸以及胃部烧灼感等症状，被称为“咖啡因中毒”。
严重的情况甚至会导致死亡。一口气喝下大量咖啡因是很困难的，但最近出现了含有咖啡因的甜味饮料或者咖啡因药片，使中毒者不断增加。另外，每天摄入大量含有咖啡因饮料的人，在暂时停止摄入后，也会出现头痛和疲劳等症状。这是“咖啡因上瘾”导致的“咖啡因戒断反应”。原来，咖啡因还有对人体如此负面的影响。每杯咖啡里的咖啡因含量不尽相同。在此，介绍一下欧洲食品安全局（EFSA）的计算结果。
根据他们的计算，每杯滴漏咖啡（200毫升）中约含有90毫克的咖啡因。每杯浓缩咖啡（60毫升）中约含有80毫克的咖啡因。根据欧洲食品安全局的建议，健康成年人（孕妇除外）一次性摄取的咖啡因最好不超过200毫克（相当于2.2杯滴漏咖啡）。但如果在就寝前摄入超过100毫克的咖啡因，就可能会导致失眠。另外，一天中摄入的咖啡因总量不超过400毫克（相当于4.4杯滴漏咖啡）是比较安全的。
尽管如此，还是要注意根据自身情况进行调整，咖啡因的安全摄入量因人而异，有的人只要喝一杯滴漏咖啡就会觉得身体不舒服。欧洲食品安全局还认为，儿童的咖啡因安全摄入量应由体重决定。每千克体重能够承受的咖啡因约为3毫克。例如，体重为20千克的儿童，一次性摄入的咖啡因不要超过60毫克。女性怀孕时，身体对咖啡因的分解能力暂时降低。因此，即使和孕前摄入的分量相同，咖啡因在体内滞留的时间也会延长。
而且，胎儿不能分解咖啡因。调查结果显示，如果在怀孕期间每天摄入超过500毫克的咖啡因（相当于5.5杯滴漏咖啡），流产的风险就会升高。因此，欧洲食品安全局认为，孕期每天摄入的咖啡因总量不应超过200毫克（相当于2.2杯滴漏咖啡）。但需要强调的是，上述列举的数值并非完全适用于所有人。担心咖啡有害的人还是应该向专家咨询。每天都饮用咖啡会对健康产生什么影响？
研究者们用“同期群调查法”来调查咖啡和健康之间的关系。这是以千数万人为调查对象的大规模跟踪调查，时间跨度长达几十年。即使每个个体受影响因素不尽相同，但是，通过长时间进行的大规模调查应该能反映出一个总体趋势。2002年，荷兰发表了一项调查结果。调查记录了约1.7万名被调查者的咖啡摄取量，然后追踪每名调查者在7年之后所患疾病。
其结果是：“每天饮用咖啡在7杯以上的人比每天饮用2杯以下的人，患II型糖尿病的风险降低了一半。”2型糖尿病，也就是非遗传性糖尿病，多由不良的生活习惯引起。虽然目前仍没有研究证明咖啡是如何控制2型糖尿病的，但有说法认为是咖啡中的绿原酸发挥了作用。用同样的方法，研究人员还在世界各地得到了“饮用咖啡越多，越不容易得心血管疾病和肝癌”的调查结果。心血管疾病，主要指心脏病、脑卒中等由于血管堵塞造成的疾病。
此外，与这些“咖啡能预防疾病”的结论相反，研究人员也得到了“饮用咖啡越多，越容易得膀胱癌”的调查结果。但是，这些疾病和咖啡之间究竟有什么关系，其实并不非常明确。实际上，即便你从今天开始每天饮用大量的咖啡，也有可能患上心血管疾病和肝癌。因为这些疾病并非仅和饮用的咖啡有关。上图描述了咖啡因驱除睡意的机制。此外，帕金森病是一种因为多巴胺分泌数量变少而使身体活动能力下降的病症。
不过，也有疾病已被证实和咖啡关系密切，这就是帕金森病。帕金森病是由于脑内的抑制神经元过度活跃而引起的疾病。在帕金森病患者的脑内，多巴胺少而腺苷过剩（见上图）。这种患者摄入咖啡因之后，咖啡因会取代腺苷与抑制神经元结合，抑制其活性，使帕金森病的症状得以缓解。目前，可利用与咖啡因具有相同效果的其他物质来治疗帕金森病。此外，还有一些研究发现，咖啡能降低死亡率。
这些调查研究都是不论死亡原因，只是简单地把死亡率和饮用咖啡的量进行比较得出的结果。不论哪一种研究，都得到每天饮用1～4杯咖啡的人的死亡率最低，少于1杯或者多于4杯死亡率都会有所升高。众所周知，精神压力会引起各种各样的疾病。咖啡能缓解精神压力。但有时候饮用不含咖啡因的饮料也能起到相同的效果，所以有人认为，能使身心放松的或许是咖啡中除咖啡因以外的其他成分。其中被认为最有可能的是咖啡的香味。
咖啡中含有一千多种香味成分，人们认为是这些香味起到了放松身心的效果。闻闻香味能够舒心安神，喝上几口便能睡意全无、精神振作。这是从古至今人们通过亲身体验得出的结论。对咖啡有顾虑的人注意不要过量饮用，开开心心地享用才更有益于身心健康。