美食纪录片中经常有这样一句话：时间是魔法，赋予食物独特的味道。实际上，有魔法的并不是时间，而是食品发酵的过程。发酵能让食物改头换面，拥有全新的模样和味道。食品发酵，指的是食品原料在微生物及其本身酶的作用下，经过一系列化学反应后转化为新的食品类型的过程。这一过程往往会让食品的味道甚至口感发生巨大变化，拥有一种专属于发酵食品的独特风味。
发酵风味是否纯正，首先取决于食物原料的质量。
其次，在微生物的消化作用下，食物中一些原本没有风味的物质会被转化成“风味因子”，常见的如各种氨基酸，尤其是谷氨酸，在富含蛋白质的豆类发酵制品（酱油、豆豉、黄豆酱等）中含量尤其高。在无氧环境中，有些微生物会进行厌氧呼吸，将糖类物质转化成醇类或酸类物质（如乙醇和乳酸），酒类和酸奶等发酵食品的风味就是在此时形成的。
有时，微生物代谢物还会进一步与食物的消化产物发生化学反应，生成酚类、酮类、醛类等物质，继续丰富发酵食品的风味。
食品发酵常用的微生物浙江大学生物系统工程与食品科学学院的周文文副教授长期从事微生物代谢和发酵食品安全领域的研究。她解释道：“为了保证发酵食品的安全性，食品工业中使用的发酵菌种要经过严格的安全评价。包括这个菌种本身有没有致病能力，菌种所产生的代谢产物是否对人体有害等。”此外，发酵菌种的纯度和发酵过程中是否有杂菌掺入都必须被严格监测。
酸菜和泡菜的问题则更复杂。自制酸菜的危险主要来自亚硝酸盐。在腌制蔬菜（一般是大白菜）时，我们利用天然附着在蔬菜表面的微生物进行发酵，生成的乳酸会赋予酸菜特有的酸爽口感。但与此同时，微生物还会把蔬菜中的硝酸盐还原成对人体有害的亚硝酸盐。研究证明，短期内摄入超过300毫克的亚硝酸盐就有可能引起中毒症状。那么，北方常见的自制酸菜中会含有多少亚硝酸盐呢？
有些家庭喜欢自酿葡萄酒或其他种类的果酒。
和腌制酸菜、泡菜一样，家庭自酿葡萄酒时不会额外添加菌种，而是利用附着在葡萄表皮上的天然酵母进行发酵，如此一来，各种杂菌就难以避免。葡萄含糖量高，酿造过程还要添加糖，多糖的葡萄汁发酵体系更是受到病菌的欢迎。而且，酿制葡萄酒要经过多道工序，一次发酵后还要进行二次发酵，较长的发酵时间和复杂的操作过程也会增加被杂菌或其他有毒物质污染的几率。
这些杂菌会在发酵过程中产生除乙醇之外的其他醇类，比如严重危害人体健康的甲醇。媒体曾报道过有人在饮用自酿的葡萄酒后失明，就是甲醇中毒导致视神经病变的结果。