在160年前发表的《物种起源》中，达尔文在解释穴居动物眼睛退化时不得不求助于拉马克的学说：“眼睛的这种状态大概是由于不使用而逐渐缩小的缘故”，后面附了一个“不过也许还得到自然选择帮助”的尾巴。随着遗传学的发展，今天的演化学者已经能够很好地解释这个问题。最广为接受的假说认为：答案的关键在于“能量”。
2015年一项发表于Science Advance的研究认为，对于正在发育的鱼类来说，发育眼睛要比失明多消耗15%的能量。洞穴系统的能量与氧气供给均较为匮乏，而维持眼组织，特别是视网膜和相关神经的成本相当高。在这种情况下，不在无用的眼睛上浪费能量是大自然的选择。此外，其他器官的需要也可能扼杀眼睛。
例如，有证据表明控制发育的基因Hedgehog的大量表达能增加鱼类头部腹面的味蕾数量，这有助于洞穴鱼类更有效地找到食物，但同时也会抑制鱼类眼睛的发育。还有一个原因在于，眼睛是一种暴露在体表的脆弱器官，很容易受损乃至感染。失去眼睛后的洞穴鱼类减少了此类风险，就更容易生存和繁殖下去。看上去，在洞穴鱼类的问题上自然选择已经大获全胜。
但是，2018年5月发表于Nature Ecology & Evolution的一项研究发现，一种洞穴盲鱼——墨西哥丽脂鲤（Astyanax mexicanus）与眼睛发育相关的多个基因并没有发生DNA序列上的失活突变（像许多其他洞穴鱼类那样），而是被甲基化这种表观遗传修饰所沉默。有研究者据此认为，或许是洞穴环境诱发了这种表观遗传变化，并将这种变化遗传给了后代。
换句话说，这是一种拉马克式用进废退对环境的快速响应。不过，许多研究者反对这种看法，认为参与甲基化的基因很有可能发生了变化，表观遗传变化本身其实还是遗传变化的结果。毫无疑问，达尔文式的自然选择是物种演化的主流。但在一些特定的演化事件中，或许表观遗传这一拉马克所未曾设想的机制，仍然占据着一席之地。