肠道菌群领域要想发展好，起码还需要10年的时间。肠道菌群的研究并非没有价值，它依然十分重要。只是这一行因为过热，吸引了很多对菌群并不真正了解的人涌进来，产生了一些“不靠谱”的文章与研究，损害了学科声誉。微生物组学正在飞速发展。在依赖培养技术研究微生物100多年后，最新发展的高通量测序、大规模并行计算和生物信息学分析工具，彻底改变了人类对环境和人体内复杂微生物群落的探索途径。
微生物学开始转向通过非培养的方式，对我们身体里的这个隐秘世界提供全新的认知。肠道菌群作为一个整体的生态系统，其结构被破坏以后可以引起或加重各种疾病，对这方面的认知不应再有争议，在理论上这是没有问题的。但具体到某个领域，是什么菌、造成了哪种特定的疾病，则要通过大规模的测序和合理的数据分析，把可能的关键菌种找到，然后再回到无菌动物里去验证，做严密的机制分析，才能确定因果关系。
实际上，微生物组的复杂性，使得将其与某种疾病确定为因果关系变得极具挑战性。知名学术打假人Elisabeth Bik就曾指出，相关性并不意味着因果关系。人类对肠道菌群与自闭症的关系研究仍需要更确切的证据。与此类似，肠道菌群与其他神经、精神系统疾病之间的关系，也有一些结论不一致的研究，这些研究都需要重新验证。赵立平对微生物组学的科研现状有冷静的认识。他认为，直到现在，微生物组领域的研究还是以测序为主。
很多人对微生物学缺乏基本概念，或者在技术上没有能力深入地做下去。实际上，肠道菌群研究需要形成多学科的研究机制：从临床实验开始，到测序、数据分析，再到动物实验，一般需要三四个学科的合作，需要实验室进行各方面的能力建设，才能做出准确、深入的研究。赵立平担心，围绕着微生物组领域出现的质疑正在影响这一学科的名声。为了肠道菌群研究的健康发展，他特别强调多学科交叉融合的重要性。
他认为，“肠道菌群研究非常有前途，它的重要性超出我们现在的想象。但这个领域要想发展好，起码还需要10年的时间。”