10月27日，中国疾控中心发布讣告：中国疾病预防控制中心流行病学首席专家，中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心原主任、研究员，第十四届全国政协委员，第十五届中国民主促进会中央常委吴尊友同志，于2023年10月27日12时56分因病医治无效，在北京逝世，享年60岁。尊重本人生前遗愿，丧事从简，不举行遗体告别仪式。
此前，吴尊友罹患胰腺癌一事并未大范围传播，媒体曾在采访时提及外界对他“青丝变白发”的关注，但吴尊友从未予以回应。相比个人，他更愿意谈论公共卫生和传染病防控——这是他投入30余年的事业。早在21世纪初，吴尊友就成为我国艾滋病防控领域的关键人物，推动艾滋病的检测和治疗，用科学行动消灭艾滋歧视。
2020年初，新冠疫情肆虐，吴尊友多次列席国务院联防联控会议，也因此为大众熟知。事实上，他在中国艾滋病毒预防领域建树颇丰，在他和同事的努力之下，中国应对艾滋病流行的防治策略和措施发生巨大转变，从被病毒牵着鼻子走到主动出击。
因为在艾滋病防控领域的卓越贡献，2022年5月，吴尊友被世界卫生组织授予纳尔逊·曼德拉健康促进奖，彼时他已确诊胰腺癌。
1980年，17岁的吴尊友考上了安徽医科大学卫生系，报考专业时，他对即将投身领域一无所知，只想着有大学上就可以了。四十年多年后，他接受《中国慈善家》采访时回忆，“到了卫生系学习以后，才觉得这个专业很有意思，特别是流行病学。它是方法学，在公共卫生领域里起着非常重要的作用。”
上世纪80年代初，国际上已经开始陆续出现关于艾滋病毒的研究，原中国预防医学科学院院长，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所研究员曾毅意识到这种疾病可能会传入中国，并引起严重后果，由此，曾毅开始做知识和技术准备，并于1987年在简陋的实验室里分离出我国第一株艾滋病毒株，建立了HIV检测办法。
1988年，进入公卫领域工作的吴尊友也逐渐意识到，艾滋病在未来将是一个严重的公共卫生问题。他于1991年赴美学习，主要方向为艾滋病防治，由此开启投入一生的事业。也正是在洛杉矶，吴尊友第一次见到艾滋病感染者，一位给他们上课的30多岁女性。在洛杉矶的时候，与他共事的人群中，50%为艾滋病感染者。
2007年报告的当年艾滋病感染者病例中，性途径感染的构成比例首次超过血液传播——针具交换和美沙酮诊所被认为在后者的降低中起到重要作用。
除此之外，作为流行病学专家，吴尊友常年在一线进行走访调查，并将自己所学编撰成一本预防艾滋病知识的册子，连环画配着简单的说明。其中一部分宣讲对象便是娱乐场所的服务人员，但这些高危人群对研究人员排斥感很强，对吴尊友带来的连环画初稿不屑一顾。
吴尊友曾提及让他有成就感的例子，比如他设计并实施了艾滋病感染者检测、咨询、诊断和治疗的“一站式”服务试点研究，原本这一时间耗费两三个月，而优化程序后，从初筛阳性到上抗病药平均只需十天的时间。新诊断的病人一年内的病死率下降62%，这一措辞经试点后很快成为国家艾滋病防治策略，在全国艾滋病疫情重点地区推广。
对于吴尊友来说，在与艾滋病防控的历程之中，他看到的不只是病毒，还有具体的人。2012年，他入驻微博，表示“把准确、真实的信息传递给读者，是对自己负责，是对读者负责，更是对社会负责。” 此后一年多，他与许多艾滋病感染者密切互动，感染者们向他提及困境，比如被医院拒诊，拿不到药，吴尊友试图提出解决办法。
2022年，吴尊友曾向媒体表示，他期待和新冠一起退出公众视线，“对于疾控人员来说，你工作做得越好，越看不到你的成绩。在临床上的话，你治疗的病人越多，就越有成就感。但你看我们（疾控人员），工作做得越好的时候，病人就越少；病人越少的时候，你就越不被社会看见，invisible（看不见的）。”
而他的微博也停留在了2023年4月2日，他介绍了世界卫生组织公布的新冠发病人数和死亡人数，“这组数据预示着全球新冠大流行趋于结束”。自此，他淡出了公众视野。158天后，他所工作的中国疾控中心发布了讣告。