关于超雄基因是不是犯罪基因这个课题，科学家们也做了一些列的研究。有一些研究揭示了超雄者的与众不同之处及犯罪率较高的事实。1965年，美国遗传学家雅各布对一些男性罪犯的性染色体进行研究后，提出了一个假说——有超雄基因的人具有更多的犯罪和暴力倾向。后来，由于监狱中的男性罪犯的超雄基因检出率高达20%，欧洲的一些研究人员提出了同样的观点。
美国约翰·霍普金斯大学的研究人员专门研究了超雄者的体表特征，他们一般身材高大、长臂、长腿、易长粉刺、智力低于正常水平，易患精神疾病，具有反社会的趋向。
然而，随着时间的推移，越来越多的科学证据显示，超雄基因是犯罪基因的说法有很多漏洞。这要从两方面看，一是基因与行为的关系，二是有关超雄者行为的统计学和社会学数据。从基因上看，超雄基因并不是引发犯罪行为的罪魁祸首。
次雄综合征（也称克氏综合征）也与性染色体有关，在染色体上的表现是XXY。次雄综合征患者（次雄者）的主要表现是肌肉较少、身材较高、运动协调性差、体毛稀少、外生殖器异常、缺乏性欲和具有女乳症。根据常识推测，X是女性性染色体的标志，如果多一个X染色体可能使人呈现温柔、恬静等女性的性格特征，但次雄者的犯罪率比普通人高，甚至与超雄者相近。因此，多一条Y染色体也许并不是导致超雄者犯罪的决定性因素。
超雄者和次雄者犯罪率超出一般水平的主要原因是，染色体异常导致智力低下及中枢神经系统异常，从而诱发行为异常。
从统计学和社会学角度看，超雄者并不比染色体正常者有更多的暴力倾向和犯罪行为。法国科学家对超雄者进行过调查和鉴定，结果表明这些男性的犯罪率并不高于常人。丹麦科学家也做过类似的调查，而且早在1978年就得出结论，虽然监狱中超雄者比率较高，但他们的罪行几乎都是非暴力的。20世纪70年代，美国科学院根据许多调查和研究项目做过一个正式的表态，认为“超雄者具有犯罪倾向”的假说并未经过充分的证明。
与超雄基因相对应的超雌基因则未引发过社会争议，因为超雌者并不会危及他人，只是自身生理功能有异常。由于多一条X染色体，超雌者中有些人比较漂亮，眼睛大而圆，皮肤白皙，身材苗条、高挑。但是，更多的超雌者会出现轻微的智力低下、性腺发育不良等问题。由于超雌者并无明显的特异性症状，因而难以发现，这也导致一些超雌者的后代出现更严重的超雌，这种情况被称为超超雌。
我国媒体曾报道过一位超雌母亲生下了超超雌女婴，她比常见的超雌者还多一条X染色体。在女孩8岁时，外貌显现出轻度先天愚型的特征，下颌轻度突出，还有Ⅱ度腭裂；智力略低于平均水平，生活基本能自理，但学习能力较差。
从超雄基因与犯罪倾向、犯罪行为的复杂关系可以看出，人类的很多疾病、生理功能和行为虽然与基因有关，但是这种关系是因果关系还是相关关系，还需要更多科学研究相互佐证。
如果是因果关系，当然要予以重视，并采取相应措施；如果是相关关系或者无关，则可以继续关注、探索，但不能过度解读，以避免造成偏见和歧视。与超雄基因类似的情况还有很多，人们把一些生理或心理特征与基因关联起来，发展出一批并未得到科学界认同的“某某基因”，如肥胖基因、快乐基因、同性恋基因、精神分裂症基因、长寿基因、高智商基因、痴呆基因等。
如果把基因与疾病、心理和行为的相关关系解读成因果关系，很可能产生负面作用。还有一些机构打着基因测序的幌子，进行性格诊断和潜能开发，预测儿童的天赋，以确定其发展方向等，其实均缺乏切实的科学依据。虽然基因会影响一个人的行为和性格，但后天的环境对人的成长亦有影响，“淮南为橘，淮北为枳”就是最好的例证。