红山森林动物园本土物种保育区位于园内大红山的半山腰处，集合了农田、池塘、湿地和山林四种生态系统及两处特展区域，是一个充分体现江苏省陆地部分的自然环境之沉浸式展区。园内整体设计简朴、自然、明快，穿行其间，令人颇有“水满田畴稻叶齐，日光穿树晓烟低”的返璞归真之感。
作为全国地势最为平缓且唯一无海拔超过1000米山峰的省份，江苏的生物资源算不上丰富。据调查监测统计，江苏全省天然分布有兽类79种、鸟类448种、爬行动物56种、两栖类21种，合计仅604种野生动物。
走进本土区，首先映入眼帘的是一片农家园地，几簇高粱抽出了黄紫的穗儿，一排竹架挂下了长长的丝瓜，菜畦里空心菜等你来采，紫苏、迷迭香和黑麦草摇曳着特别风情，石头角落长满虎耳草……你或许会疑惑，这场景哪里像动物园？原来，这里不使用化肥，自然落叶、清捞水草、动物粪便和餐厅厨余等都是这片园子的纯生态肥料。
这样的“菜园子”设计，不仅能为本区饲养的动物们提供食料，也能为园内自然野生的柳莺、山雀和刺猬、鼬獾等提供觅食、栖息之地，形成了展区内的第一个生态系统——农田生态。
有田须有水，有水才有田。走过农田，右前方就是“一个池塘”。这个小池塘其实是一个置于“小山坳”间的巨大生态展缸。三面以自然泥石为壁，一面别具匠心地镶嵌整片玻璃，透过玻璃，可以看见“潭中鱼可百许头，皆若空游无所依”。
这些不起眼的小鱼被统称为“小杂鱼”，只有从池塘旁的展板上，我们才知道了它们的名字：虾虎鱼、黄黝鱼、青鳉、麦穗鱼、棒花鱼、泥鳅、高体鳑鲏……还有更不起眼的黑壳虾、田螺、长臂虾……至于一律被叫作“水草”的水生植物，其实也是有名有姓的马来眼子菜、菹菜、狐尾藻、香蒲……“一个池塘”营造了典型的华东湿地生态中的原生态自然池塘场景，充分显现了江苏淡水鱼类区系典型的平原静水型特征及其暖温带性质。
尤其可喜的是，在保育员的科学设计和精心调理下，这个池塘已完全实现了自给自足式的自动化运作——无需人工投喂，便可实现生态平衡。
复前行，湿地润泽，屋舍俨然。沿着“一个池塘”边的道路前行，路边出现一方水面，浅浅的水边是杂草丛生的泥地。一眼看去，水里漂着几段木桩，似乎没什么动静。忽然，有一处探出个灰黑的脑袋——鳄鱼！原来，这片湿地是扬子鳄的地盘。扬子鳄，鳄形目短吻鳄科属8种中唯一仅产于旧大陆的一个物种。
鳄形目为爬行动物中最为进步的类群，神经系统和循环系统较其他爬行动物更为完善。作为我国特产物种，扬子鳄在中国古籍中多次“登场”：《西游记》中的“黑水河小鼍龙”，“聊斋志异”中化身“西湖主”的“猪婆龙”，都是古人对它的称呼。扬子鳄体形娇小，体长约1.5米，绝少超过2米；在野外以田螺、河蚌、鱼类、水鸟等为食；性情温顺，不会伤人。
扬子鳄一度在我国分布广泛，但因气候及人为因素导致的栖息地减少等原因，目前可能仅有不足200条野生个体生存在江、浙、沪、皖四地的小范围水域，现为国家一级保护动物。红山森林动物园为本土区的数条扬子鳄打造了高度模拟原生态栖息地的环境，它们也乐得在水塘中、浮木上、泥沼里逍遥自在。
一墙之隔的又一片水面上漂浮着一簇簇绿叶，挺立的茎上开着花，花朵不大，但明亮的黄色甚是显眼。
这小花很有“文化”：千百年来传诵不绝的《诗经·关雎》所唱“参差荇菜，左右流之”说的就是这水生黄花。荇菜，或称莕菜，是菊目睡菜科荇菜属水生植物，这一属共包含6种：小荇菜、黄花荇菜、印度荇菜、龙鳞瓣荇菜、龙潭荇菜和荇菜。红山栽种的是其中最为常见的荇菜，花朵鲜黄，大而明显，花多且花期长。地，时不时有动物的身影闪过。细细看去，原来是两只俗称“河麂”的獐出没其间。
獐是唯一雌雄均不长角的鹿科物种，因雄性有一对突出外的犬齿而得了个“吸血鹿”的外号。其实，作为食草动物，獐绝不吸血，一对犬齿的唯一作用仅是在发情期间用于打斗求偶。远远望去，一只救护入园的苍鹭和一群不请自来的白腰文鸟正在草丛中悠然自得，觅食嬉戏。这片区域可谓三全其美，相得益彰，彰显的是整个本土物种保护区的重头戏：湿地生态。
与湿地隔路相望的是一座俨然农家的屋舍，这是一个被命名为“丛林之窗”的特展厅。
农家堂屋四个生态缸内的动物往往会出没在丛林之中。在密布蕨类植物的生态缸中，出没的是燕山蛩，又称约安巨马陆，为倍足纲山蛩目山蛩科山蛩属模式种。燕山蛩体长约12厘米，身体细长，由54～64个体节组成。头节无足，头节后的3个体节各有足1对，其他体节每节有足2对（雄性第7体节膨大无足，雌性正常），足的总数可多至200对——难怪民间称它“多脚虫”。
燕山蛩喜阴湿、惧高温，常在夜间活动，受惊扰时会蜷缩身体或从体侧腺孔中释放臭气以自卫。它以腐败的落叶、植物与腐殖质等为食，是森林生态系统重要的分解者，对凋落物的分解量约占地区年平均凋落物总量的21%。又一个生态缸里，堆积着厚厚的枯叶杂草和树皮干枝，这里的主人是五条石龙子科滑蜥属的爬行动物——宁波滑蜥，一种中国南北方均有广泛分布的小型蜥蜴，因其模式亚种产于浙江宁波而得名。
成体全长12～15厘米，主要栖息于向阳山坡的多碎石处与落叶层中，白昼活动，捕食各种小型无脊椎动物。2000年和2016年，宁波滑蜥先后被列入《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》（简称“三有名录”，后于2018年调整为《国家保护的有重要生态、科学、社会价值的陆生野生动物名录》）和《浙江省重点保护陆生野生动物名录》。“三有”动物不得随意抓捕。
轻则会受到行政处罚，捕捉20只（条）或以上即构成犯罪，捕捉50只（条）或以上即属重大刑事犯罪。
下面又一个生态缸。在石头泥沙间仔细寻找，会发现其间躲藏着一只中华蟾蜍。两栖纲中的蟾蜍科蟾蜍属是个大家庭，一度曾有百余种蟾蜍划入该属，但十多年前重新划分后，该属仅剩十几种。中华蟾蜍，俗称“蛤蟆”或“癞蛤蟆”，是该属中的广布种。
中华蟾蜍全身布满疣粒，四肢短粗，跳跃能力不如蛙类强大，一般生活于阴湿的草丛中、土洞里及砖石下等。本土区的这个展缸高度还原了它的原生态栖息环境。中华蟾蜍适应力强，以捕食昆虫为生，受惊吓时，会从耳后腺中分泌出白色毒液用于自卫。与宁波滑蜥一样，该物种亦为国家“三有”保护动物。最后一个生态缸是个“水箱”，深深的水里堆沉着厚厚的落叶和零散的树枝，游弋其间的小家伙是什么呢？
它们通体黑色，腹面红色，有连缀成片的深色斑点，四肢纤细，靠一条侧扁而末端钝圆的尾巴在水中游动。原来，它们是蝾螈科蝾螈属的两栖动物——东方蝾螈。蝾螈属共8个物种，中国出产6种，东方蝾螈是最为常见的一种，通常栖息于海拔30～1000米的生有水草的静水塘和水田中，以蠕虫和小型水生物为食。受惊时，它们会释放毒素。街上偶有不良商贩把东方蝾螈当成“娃娃鱼”售卖，遇到请远离！
走出农家堂屋，发现外墙上开了扇大大的窗，探头一看：里面贴着年画，墙上挂着淘米笸箩，中间一方砖砌的灶台，台面放着碗筷、蒸笼，还有半瓶白酒和江苏老菜谱，活脱一个标准的农家厨房。天气晴暖时，这个老灶上会游动着一个粗长的身影，盘绕在各种家什之间，原来它是一条被称为“菜花蛇”的黑眉锦蛇。中国民间从古至今一直有“家蛇能够看家护院”的说法，是“动不得”的。
虽然此说不可信，但蛇是保持生态平衡的重要一员却是不争的事实。“见蛇不打三分罪”的错误说法不可取，蛇类也是自然界的一分子，如果不爱，至少请别伤害。