自由港是一种非常古老的经济区域，是自由区的初始形态。自由港的历史悠久，最早可追溯至古代腓尼基时代。腓尼基人善于航海与经商，全盛时期控制着整个地中海的贸易。为了便于通商，腓尼基人开放了地中海的部分港口作为自由港，允许各国商船在港区内自由航行，商品可以自由进出。16世纪中叶，在意大利西北部的热那亚湾地区设立有雷格亨自由港，这是世界上最早的自由港。
此后的两个多世纪，欧洲的一些港口城市，如意大利的那不勒斯、威尼斯，德国的汉堡、不莱梅，丹麦的哥本哈根以及法国的敦刻尔克等，都宣布成为自由港或自由市。
1973年5月，海关合作理事会（世界海关组织的前身）成员国在日本东京签署了《京都公约》（全称为“关于简化和协调海关制度的国际公约”），其中对自由区做出了较为完整的解释：一国的部分领土，在这部分领土内运入的任何货物，就进口税及其他税费而言，被认为在关境以外，免于实施一般的海关监管制度。据此可知，自由区就是一种特殊的海关监管区域，只有将货物运出海关特殊监管区域，才需缴纳关税。
早期的自由港多为海港型或河港型，通常具有优越的地理位置和优良的港口条件，是国际交通要道的重要节点。随着国际贸易和国际物流的发展，航空型自由港开始出现，如爱尔兰的香农和荷兰的斯希普霍尔，都是世界著名的航空型自由港。目前，全世界有100多个自由港和2000多个与自由港有相似内涵和功能的特殊经济自由区，其中比较知名的有中国香港、新加坡港、德国汉堡港及比利时安特卫普港等。
从功能上看，自由港主要有四大类型，分别是转口贸易型自由港、工商型自由港、旅游购物型自由港及综合型自由港。转口贸易型自由港的面积相对较小，只包括港口及港区内的部分区域，德国的汉堡港与英国的利物浦港就是典型的转口贸易型自由港。工商型自由港主要分布在南美、非洲及东欧等地，巴西的马瑙斯自由港和罗马尼亚的苏利纳自由港就是典型的工商型自由港。
旅游购物型自由港主要分布在加勒比海地区，以委内瑞拉的玛格丽塔自由港和哥伦比亚的圣安德烈斯自由港为代表。综合型自由港主要分布在亚太地区，以中国香港和新加坡最具代表性。