人们都知道，肥胖对健康不利，“小胖墩儿”更令许多家长焦虑，但孩子身上的“肉肉”不一定都与出生后的饮食有关，某些孩子喝凉水都长肉的“易胖体质”或许在母亲腹中就已形成。发表在知名学术期刊《科学》上的一篇论文指出，肠道菌群对肥胖的影响甚至可以追溯至“娘胎”。
日本的一项研究发现，母体肠道菌群的状况对胎儿日后的健康发育有深远影响。在动物实验中，当怀孕母鼠肠道菌群中的某些代谢产物不足时，出生后的小白鼠很容易出现肥胖问题，并会出现代谢紊乱；如果在孕期给母鼠补充膳食纤维，则可以帮助后代预防与代谢相关的疾病。
在帮助人类降解无法消化的营养成分（如膳食纤维）时，肠道细菌会产生出各种代谢物，如短链脂肪酸。
研究人员在检查了怀孕母鼠及其胎儿后发现，在肠道菌群失调的情况下，怀孕母鼠的血浆中某些短链脂肪酸的含量明显减少，而在胎儿的血液中，这些短链脂肪酸的含量也同步减少。研究人员推断，这些短链脂肪酸可能是影响胎儿的关键信号。母体的肠道细菌产生的短链脂肪酸，最终会通过血液转移到胚胎中。这些短链脂肪酸信号可以为能量摄入和消耗的动态平衡打下基础。
在食物干预之后，研究人员发现，生活在正常环境中的怀孕母鼠，如果饮食中的膳食纤维含量非常低，其生下的小鼠也容易出现代谢问题。相反，膳食纤维丰富的饮食可以促进母鼠的肠道细菌产生丙酸盐（属短链脂肪酸），其后代出生时虽体重偏高，但日后即便经常摄入高脂肪食物也不易发胖。
每位准妈妈都希望生一个聪明的宝宝，科学研究发现，孕妇体内健康的肠道菌群对胎儿的大脑发育很有帮助。
美国生物学家研究发现，在母鼠怀孕期间，其肠道内的细菌会调节关键的代谢物，这对胎儿大脑的健康发育非常重要。虽然母体的肠道菌群与其后代脑功能和行为异常有关，但科学家并不清楚它们是否在关键的产前时期也会影响胎儿的神经发育。为此，他们分别培养了肠道细菌已被抗生素消灭的小鼠以及人工繁育的无菌小鼠。
结果显示，母体肠道菌群的减少会破坏胎儿的大脑发育，改变胎儿大脑中开启的基因，包括许多参与神经元内新轴突形成的基因。轴突是连接脑细胞并使它们能够交流的微小纤维。研究人员发现，胎儿大脑中连接大脑丘脑和皮层的轴突数量和长度都有所减少。
由此可见，肠道菌群和神经系统之间的相互作用是通过母体肠道菌群对胎儿的大脑产生影响开始的。
研究人员指出，肠道菌群具有不可思议的能力，不仅能调节母体内的许多生化物质，还能调节胎儿大脑中的生化物质。我们不知道这些发现是否适用于人类，但许多神经发育障碍被认为是由怀孕期间胎儿经历的遗传和环境风险因素造成的。我们的研究表明，孕妇怀孕期间的肠道菌群情况也应该被考虑和进一步研究，因为这不仅会影响母亲的健康，而且会影响后代的健康。
另外，美国医学专家还发现，由免疫系统产生的一种炎症分子白细胞介素-17a是引发自闭症的一个关键因素，如果准妈妈的肠道菌群不健康，婴儿日后出现自闭症以及神经发育障碍的风险会比较高。此前也有研究表明，自闭症谱系障碍可能部分源于肠道菌群的差异。
在怀孕期间，母亲会把自己独特的肠道菌群“传递”给宝宝，而宝宝出生前后数周所处的环境与早期体内的微生物，皆会影响其日后长期的免疫力和代谢能力发展。瑞士伯尔尼大学的一项研究指出，孕妇在怀孕期间，其肠道菌群会影响胎儿的免疫系统发育。
近年来，以儿童为主要发病人群的1型糖尿病发病率逐年上升。我国医学专家研究发现，肠道微生物功能和代谢的紊乱与1型糖尿病密切相关，1型糖尿病儿童的肠道菌群的多样性明显减少，菌群结构紊乱。