很多人认为，市面上流行的“无菌蛋”，不含沙门氏菌、无蛋腥味、蛋黄更黄，可以放心生食。事实上，“无菌蛋”一般指经过巴氏杀菌以及严格加工处理的鸡蛋，其内部的细菌数量很少，但并非完全无菌，称其为“少菌蛋”更合适。
常见的食源性致病菌如沙门氏菌等，具有很强的耐低温性，可在冰箱中存活三四个个月，而当环境温度达到100℃时，它们会直接死亡。普通鸡蛋通过高温加热后，所含的致病微生物都会被杀死，因此没必要过度追求鸡蛋无菌。
至于商家宣称的无腥味、蛋黄更黄、富含更多营养成分，也并非“无菌蛋”的专属。鸡蛋是否有腥味，主要与饲料及蛋鸡的品种有关，蛋黄颜色则取决于饲料。
需要注意的是，水煮蛋中有91%的蛋白质可被人吸收，而生吃的话，这个数值约为55%。因为生鸡蛋中含有蛋白酶抑制剂，会影响人体对蛋白质的消化吸收。所以，生食“无菌蛋”不如熟吃普通蛋。