尽管元初朝廷对杭州皇城建筑群采取了有意识的保护，但是很快这一局面就随着杨琏真迦的到来而发生了剧烈变化。元灭吐蕃以后，元朝上层统治者开始崇信佛教，特别受到藏传佛教的影响。为了有意识地推动佛教特别是藏传佛教在江南地区的传播，元廷积极支持度僧、建寺、塑像、讲论、印经等佛事活动。至元十四年（1277年）二月，忽必烈委命杨琏真迦担任江南释教都总统，掌管江南佛教事务，同时给予寺院免税特权，并以玺书护持。
杨琏真迦本为西夏党项人，后皈依佛门，成为吐蕃高僧八思巴帝师的弟子，深得忽必烈宠幸。元廷在江南地区大兴佛教，主要是基于稳固统治的需要。元廷统治江南之初，政权根基薄弱，吏治腐败，对民众的掠夺剥削逐步加深，导致社会矛盾激化，反元起义此起彼伏。元廷意识到，仅靠武力镇压和废弃南宋宗庙社稷，并不能治理好南宋故地，需要寻找新的方式以便长久统治。为此，忽必烈崇信藏传佛教，提出了佛教治国的理念。
鉴于元初江南地区动荡的局势，忽必烈试图借助大兴佛教宣示国祚转移，以安江南民众之心。此刻，大都的政局也发生着激烈的变化。宰相桑哥战胜阿合马取得相权，作为八思巴的弟子，桑哥极力支持杨琏真迦在江南大兴佛教，以培植自己的势力。得到支持的杨琏真迦为发展佛教势力，强取杭州及其周边田产、房舍，甚至夺占原南宋御前道教宫观为佛寺，使得佛寺遍布江南各地。杨琏真迦还强令驱赶道士，各地道观纷纷废圮。
如由宋理宗潜邸改建的龙翔宫，元初本由道士管理，并加“玺书护持”“奉修祀典”，杨琏真迦到来后，将道士驱逐出宫，强行将龙翔宫改为寿宁寺。
除了大兴佛教之外，杨琏真迦还大肆盗掘南宋皇陵。至元二十一年（1284年），杨琏真迦发布命令要求搜罗南宋皇陵的金银宝器，以便修建天衣寺。翌年九月，杨琏真迦伙同僧人允泽及西域藩僧和暴徒们，来到绍兴南宋皇陵园内。杨琏真迦等人瞄准了南宋在位时间较长的宋理宗皇陵。
宋理宗在位长达30年，随葬品十分丰厚，大量珍宝环绕其身，棺底垫着刺绣精美图案的织锦，还包着金丝网罩。杨琏真迦等人除了掠走全部珍宝外，还将宋理宗的尸体倒挂，撬走他嘴里所含的夜明珠，并沥干其腹内的防腐水银用来卖钱。不久，杨琏真迦又率人盗掘了宋徽宗、宋高宗、宋孝宗、宋光宗等人的陵寝，盗走了大量珍宝。据记载，杨琏真迦先后盗掘南宋皇陵及大臣墓穴多达101个。
除了盗掘皇陵之外，杨琏真迦还向宰相桑哥进言，称会稽郡的帝后陵寝原为泰宁寺，南宋钱塘南郊原为龙华寺，皆为南宋所毁，请求“宜复为寺，以为皇上、东宫祈寿”。因此，除绍兴宋陵改建为佛寺外，原受元廷保护的南宋郊祀圜丘亦被毁建寺。杨琏真迦命人在杭州皇城遗址上“建大寺五”，这五大寺庙分别是禅宗的大报国寺、慈恩宗的仙林寺、藏传佛教的尊胜寺、白云宗的般若寺和天台宗的兴元寺。
至元二十八年（1291年），宰相桑哥遭到罢黜，并被伏诛。桑哥倒台后，其朝中党羽也遭到了清算，杨琏真迦便是其中之一。为了平抚江南民怨，忽必烈派原先征伐南宋的重要将领董文炳之子董士选担任江淮行省左丞。董士选抵达杭州后，首要之责就是处置杨琏真迦，“公受密旨，明正其辜，械之于市，士民聚观称快”。之后，他将僧人强行占据的房屋、田土、山林及宫观、庙宇、学舍、书院等尽行还给原主。
由于杨琏真迦改建的寺庙当初均以“圣旨”的名义强占，为顾及君王权威与颜面，董士选的善后举措也难免受到局限，杨琏真迦在杭州所建诸寺被悉数保留。直到元成宗继位后，经过道教人士的努力，部分御前宫观才得以有限恢复。
总而言之，元初朝廷对江南地区的统治始于武力征服，其治理过程颇为曲折。
特别是在经过激烈的冲突后，元廷对南宋故都的改造转而采取以怀柔为主的方针，逐步回归儒家政治传统，以延续当地的文化传统，寻求对江南地区统治的合法性。此后，元代的杭州城日渐繁荣，这不仅为江南名士、游宦官员所认可，就连游历此地的外国人，如马可·波罗、鄂多立克、伊本·白图泰、马黎诺里等，均称赞杭州为“世上最好、最富饶的城市”，杭州“天堂之城”的美誉也由此广播世界。