极其灵敏的病毒检测,且只需15分钟

作者: 西蒙·梅金(Simon Makin)

来源: 环球科学

发布日期: 2024-07-11 22:00:57

一项新研究正在为一种既快又准的诊断测试铺平道路,该测试基于CRISPR技术,无需预扩增就能实现PCR级的灵敏度,且能在15分钟内完成检测。

在新冠疫情暴发初期,样本检测主要基于灵敏的聚合酶链式反应(PCR)技术,但从检测到获得结果通常需要数天时间。之后有了更快速的检测方式,让任何人可以在任何地方使用,但灵敏性却大打折扣。如今一项新研究正在为一种既快又准的诊断测试铺平道路:它既能像新冠快速检测试剂一样便捷,又能像PCR技术一样准确。

现今,研究人员会采用CRISPR基因编辑技术来识别病原体(如引发新冠疫情的新冠病毒)的遗传物质。但是,这类检测大多都需要通过“预扩增”来增加病毒核酸的数量,而实现这一过程通常需要特定的设备,操作人员也需要经过一定的培训。

近期,一项发表于《自然·通讯》(Nature Communications)的研究表明,一些基于CRISPR技术的测试可以检测基因片段(包括新冠病毒、危险的细菌和癌症中的基因突变),且无需预扩增就能实现PCR级的灵敏度。

CRISPR技术中会使用一些能附着在RNA分子上的切割酶,这些RNA分子可以与目标基因序列(例如作为检测对象的病原体的序列)相匹配。RNA会“引导”酶到达目标序列,并激活酶去切割序列。一些CRISPR酶的变体在切割目标序列后,还可以继续活动:它们一旦被激活,可以继续切割附近的单链DNA(ssDNA)。研究人员可以利用这种行为,让酶在切割ssDNA时触发一次荧光闪烁,从而确认目标病原体是否存在。

不过在这样的设置中,每个目标DNA或RNA分子仅能激活一个切割酶。为了提高信号强度,论文的资深作者、澳大利亚新南威尔士大学(University of New South Wales)的生物医学工程师埃娃·M.戈尔迪斯(Ewa M. Goldys)和同事创造出了一些微小的DNA“纳米环”。这是一种环状的短单链序列,可以附着在目标序列的两端。

当它们呈环状时,不会激活CRISPR酶,但被切割后会展开成能被CRISPR酶识别的线性DNA。这种链式反应进而可以激活更多的酶。戈尔迪斯说:“即使只存在几个目标分子,也可以很容易检测到。”

这种策略使得基于CRISPR的检测技术的灵敏度提高了100万倍。美国麻省理工学院(MIT)的生物学家乔纳森·古滕伯格(Jonathan Gootenberg)参与开发了一种早期的CRISPR诊断系统,他说:“去掉预扩增步骤,可以使化学过程更加优雅、简单,更适合于即时检测系统。”这种新方法可以做成廉价的测试套装,类似于目前新冠快速检测中的试纸条——单个制造成本仅为几美元。

利用基于纳米环的测试系统,科学家可以检测新冠病毒和致胃溃疡的幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori)的遗传物质。此外,他们还能检测在小鼠血液和人体血浆中循环的肿瘤DNA。这种测试可以在15分钟内完成,而PCR通常需要至少一个小时。戈尔迪斯说:“相信我们已经创造出了一种有望取代PCR的技术。”

研究团队正在与一些商业伙伴合作,将这一技术用于病毒诊断和检测水中的寄生虫。不过虽然首个产品是一盒通用纳米环,研究人员可以将其添加到现有的CRISPR测试中,以提高灵敏度。这些DNA纳米环携带有引导RNA,一旦这些DNA纳米环与目标序列结合,并受到酶的切割展开后,这些引导RNA就会锁定它们,引发进一步的反应。

目前最大的障碍是同时检测多个目标,而在医疗应用中这种特性很必要,它可以检查测试的功能是否正常。古滕伯格说,这可能很难实现,不过他们正在研究。“我们不知道如何应对这一挑战,”戈尔迪斯说,“但我们会尝试。”

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