市场监管总局依法对知网涉嫌垄断行为立案调查。5月13日，国家市场监督管理总局表示，根据前期核查，依法对知网涉嫌实施垄断行为立案调查。知网方面表示将以此次调查为契机，深刻自省，全面自查，彻底整改。5月13日，《中国科学报》从此前起诉知网的赵德馨教授处获悉，知网于12日下午登门道歉，表达了重新上架他与妻子周秀鸾论文作品的意愿。
中南财经政法大学退休教授赵德馨表示，在他们夫妻起诉知网侵权后，后者不仅下架了他们的涉案作品，连同没有涉及诉讼的作品也都悉数下架。他曾主动向知网提出希望恢复这些作品，但对方一直置之不理。直到妻子胜诉后，近几天才得到他们的回应。
过去数年，北京大学、武汉理工大学、南京师范大学等多家高校机构都发表声明称知网涨价过快。
今年4月，一则落款为中国科学院“文献信息中心”的邮件截图在网上流传，邮件内称“多年来，CNKI数据库维持较高涨幅……中科院集团CNKI数据库订购总费用达到千万级别”，且续订条件“相当苛刻”。4月14日，中科院文献情报中心宣布，已在全院范围开通了万方数据库的试用权限，试用期一个月。
4月19日，知网方面表示，中科院调整知网数据库订购模式的工作正在有序推进中，由各院所选择订购内容，计划在近期签署协议并启动2022年度服务。知网还表示，在上年协议于3月31日到期后的过渡期间延续了各项服务，将继续向中科院各院所提供正常服务，直至2022年度协议签署并启动服务。