发酵在中国的历史可谓悠久。早在新石器时代的仰韶文化时期，已过上农业定居式生活的祖先们就开始以农业生产之余的谷物为原料，利用微生物发酵来获取最为原始的酒精饮料。早期先民们发现，蒸煮过的谷物长时间放置后会产生甜味，再过一段时间又会产生酒味，这就是人们在主动酿酒之前所意识到的谷物自然成酒现象。经过长期对食物自然发酵的模拟、实践和观察，老祖宗发现“曲”是酿酒的关键。
“曲”其实就是霉菌酵母等微生物及其谷物培养基的混合物。制曲是让霉菌繁殖定居于最初的谷物培养基上，并且使曲包含相关微生物扩大、繁殖和发酵所需的酶系及代谢原料，在后续发酵生产中曲就能起到给发酵原料接种的作用。
酿酒时的发酵分两步：首先是米曲霉、黑曲霉、根霉、红曲霉等霉菌把发酵原料中的淀粉转化为单糖，这一步被称为“糖化”；接着，酵母以糖化产生的单糖为原料，进一步发酵产生酒精，这一步是“酒化”。
糖化过程中，部分霉菌其实也能产生少量酒精，但各类霉菌的主要作用还是为后续酒化过程提供糖，并提供适合酵母发酵、抑制杂菌生长的适宜环境（如pH等），同时分解蛋白质等营养物，产生人们所需的次级代谢产物，比如各类风味物质和色素。
红曲霉（Monascus）是在制曲及发酵酿造中利用到的一类霉菌，由此制出的“曲”即“红曲”，明代《天工开物》中又称“丹曲”，英语则直呼其为“Red Yeast Rice”或“Red Mould”。早在三国时期，建安七子之一王粲的词赋《七释》中就有对红曲用于食物的记载：“西旅游梁，御宿素餐，瓜州红曲，掺揉相半，软滑膏润，入口流散”。
这里的“瓜州”即今天的扬州，在鱼米之乡物产丰饶的扬州，用大米等粮食来酿制红曲自然也不足为奇。
在食品发酵领域，红曲霉及其色素主要用于酿酒、酿米醋、制作腐乳、腌制肉类等方面，常见产品如福建连江元红酒、台湾红露酒、绍兴红方腐乳、福建永春红曲醋、红糟肉等，有时甚至直接用作保健食品或茶饮料。我国传统的红曲酒在酿制中通过添加红曲，加上后期贮存时的化学反应，能够形成诱人的红色或琥珀色。这或许就是红曲赋予红曲酒的最大魅力。
在现代食品加工业中，亚硝酸盐常被用于肉类腌制，既起到给肉制品着色保持红润色彩的作用，又能抑菌防腐，但长期摄入亚硝酸盐对人体有潜在的危害。研究表明，红曲霉的相关代谢产物能抑制多种细菌生长，因此有学者认为，可以在香肠等肉制品的加工制作中引入红曲霉发酵，在一定程度上替代肉制品中亚硝酸盐的添加，起到着色和防腐的作用。
千百年来，红曲霉始终与我们的“吃”有关，但其实它不仅能在食物上发挥作用，还有着巨大的药用价值。红曲霉还因此与诺贝尔奖扯上了关系。二十世纪七十年代早期，科学家从桔青霉（Penicillium citrinum）中分离出了第一种他汀类药物美伐他汀（Mevastatin），他汀类药物具有明显的降血脂作用。
1979年，日本的远藤章教授从红色红曲霉（M. ruber）中分离出一种活性化学物（Monacolin K），同时期的美国科学家从土曲霉（Aspergillus terreus）中分离出了Mevinolin，而后默克公司开发出了降血脂药洛伐他汀（Lovastatin）。
后来的研究发现，Monacolin K、Mevinolin与Lovastatin其实是同一种物质，并且是最初从桔青霉中分离出的Mevastatin的衍生物。就这样，红曲霉走上了现代医药学之路。
1985年的诺贝尔生理学或医学奖被授予了与胆固醇代谢调节相关的研究。科学家们发现，上述这些真菌的活性代谢物能够竞争性抑制HMG Co-A还原酶的活性。
这种酶是胆固醇合成通路中的限速酶，对胆固醇合成的作用十分关键，抑制了它也就抑制了胆固醇的合成。因此，包括来源于红曲霉的Monacolin K在内的这些真菌代谢物，就能显著降低人体血液中的胆固醇含量。在此基础上，各国已经开发出许多成熟的降血脂药物，这对于因患高血脂症并引发多种心脑血管疾病的患者而言是莫大的福音，比如国内的血脂康就是由红曲制成的药物。
1981年，香港学者首次从红曲霉中分离出了一种活性抗菌成分Monascidin A；1995年，法国研究者证实Monascidin A与桔霉素（Citrinin）是同一种物质，而桔霉素虽有抑菌效果，却早已被认定为一种具有肾脏毒性和肝脏毒性的真菌毒素。眼看红曲霉辉煌菌生的一世英名就要毁在毒素手里。客观来看，大家不必对此太过担忧。Monascidin A并不是红曲霉发酵产物中大量产生的物质。
尤其是在发酵流程和真菌育种技术日臻成熟的今天，我们已经能通过控制原料、改良技术参数、选育低毒菌株等手段，来有效避免毒素的产生，从而让红曲霉能一直在推杯换盏间向吃货们散发它那迷人的红色光芒。