6月28日，《新型冠状病毒肺炎防控方案（第九版）》发布，新版方案对部分内容进行了修订，包括密切接触者的隔离方式及时间、中高风险区划定、风险职业人群核酸检测频次及方式等。
相较于2021年5月11日发布的《新型冠状病毒肺炎防控方案（第八版）》，新版将密切接触者的隔离从“14+7”缩短为“7+3”或“5+5”，核酸检测方式从鼻咽拭子改为口咽拭子，密接的密接从集中隔离改为居家隔离，并新增了可扩大密切接触者判定范围的情况。
第九版防控方案提高了风险职业人群核酸检测频率，将与入境人员、物品及环境直接接触的人员核酸检测调整为每天1次，对人员密集、接触人员频繁、流动性强的从业人员核酸检测调整为每周2次，并将抗原检测作为疫情监测的补充手段。
新版方案统一使用中高风险区的概念，形成了新的风险区域划定及管控方案。高风险区实行封控措施，期间“足不出户、上门服务”。封控期间发现新的感染者，可延长封控时间。连续7天无新增感染者，且第7天风险区域内所有人员完成一轮核酸筛查均为阴性，降为中风险区；中风险地区连续3天无新增感染者降为低风险区。
对于曾经感染新冠病毒，经治疗及观察符合解除隔离条件，核酸检测在出院（舱）后再次呈阳性的人员，新版防控方案建议按核酸检测Ct值等分类管理，传播风险低的无需管控，传播风险高的按感染者管理。