国际权威学术期刊《自然》杂志２７日发布的年度报告显示，根据２０１３年在《自然》杂志上发表的高质量论文的贡献指数，中科院由上一年的１４位跃升至全球第６位，并超过日本东京大学，排名亚太地区科研机构首位；中国科技大学则连续三年蝉联中国高校榜首。英国《自然》是全球历史最悠久的国际性科技期刊，也是最权威的科学杂志之一。
该杂志专注于报道国际科研活动中的重大发现与前沿进展，并根据各科研机构在《自然》杂志及其子刊上发表的论文数量、质量，每年发布“自然出版指数”，该指数常被作为衡量高质量的基础性研究的标志性指标。报告认为，２０１３年是中国的科学发现之年，在尖端技术领域获得了丰硕成果。其中，中国科学院以发表１６５篇论文、论文贡献指数６３．１５首次取代东京大学，跃居全球前十名，并占据亚太区科研机构首位。
报告预测，中国“在未来两至三年内，将超过日本逐步成为亚太地区自然出版指数的首要贡献者。”中国科学技术大学仅次于中科院，连续第三年位居中国高校首位，２０１３年在《自然》及其子刊上共发表３７篇论文，贡献指数１５．１１，在物理、化学方面分数优势比较明显。中国科研机构前十名分别是：中国科学院、中国科学技术大学、清华大学、北京大学、深圳华大基因、南京大学、复旦大学、浙江大学、上海交通大学、香港大学。