经过两个月的调查，日本理化研究所调查委员会4月1日发布最后调查结论，证明日本科学家小保方睛子发表在《自然》杂志上两篇简单方法诱导干细胞的论文确实属于伪造，并构成学术不端，将经过上诉过程确认后决定是否撤回论文。小保方睛子对此表示吃惊和愤怒，并声称会上诉。2月前她的小组和美国学者合作的两篇简单酸处理诱导干细胞论文发表后，迅速引起日本和PubPeer等博客的关注，指出图片作假和文字抄袭的等多个质疑。
日本理化研究所随后对这些质疑开展调查，2月17日，经过初步调查，理化研究所成立了6人调查委员会，委员会包括2名外部专家。3月14日委员会公布了中期报告，发现了一些问题，但没有对学术不端作出结论。这次最终结论中认定存在两处学术不端。最后报告认为，论文中电泳图片中拼接属于伪造和学术不端。在论文中重复使用的图2d图2e也属于伪造和学术不端问题。
小保方睛子认为，图1i的问题是为了让结果更清楚展示，图片本身并不影响论文的结论。而问题图2d和图2e，是因为课题组把结果弄混造成的，而且他们已经向《自然》提交了修改版。报告还发现一些不诚信的新问题，例如关于染色体核型分析的方法描述中，有从其他小组论文复制的问题，而且和他们自己实际实验操作不符合。论文中已经对这些论文进行了引用，报告认为这并不构成学术不端。
报告还认为，研究记录资料非常不规范，让其他学者很难准确理解。报告摘要中提出，小保方睛子博士的行为和草率的资料管理导致他们痛苦地认为，这是一个缺乏研究伦理，不谦虚不诚实的不合格学者。小保方睛子是这次事件中唯一被认定学术不端的学者。
但报告也指出，论文共同作者Teruhiko Wakayama（公开发表撤回声名的）、Yoshiki Sasai在没有确认文章结果细节的情况下，同意向《自然》投稿，也负有不可推卸的严重责任。报告没有提及其他日本作者。新闻发布会上，Ishii强调这次调查主要针对6项被外界提出质疑的问题，委员会并没有对论文正确性进行评估，也没有建议这些论文被撤回或判断STAP细胞的真实性等问题。
Wakayama在声明中表示懊悔，因为他没有对来自他实验室的研究数据进行认真核对而导致错误。小保方睛子仍认为，STAP细胞是真实的，她完全不能接受属于伪造的误解。许多小组进行了多次尝试，但到目前仍没有一家说重复出STAP细胞的结果。加州大学干细胞学家Paul Knoepfler在自己的博客中写到，他没有收到任何人仍完全相信STAP细胞的消息。
新闻发布会上，理化研究所主席诺贝尔奖获得者Ryoji Noyori指出，理化研究所将会重复这些有争议的研究，并和外部学者密切合作重复STAP细胞的方法。Noyori说，经过上诉程序后学术不端如果仍被确认，他将建议撤回其中一篇论文。另外将根据纪律委员会的建议对当事者进行严厉但公平的纪律处分。他还答应将建立一个外部专家委员会来监督他们的学术过程，这一事件将促进他们改革现行政策，以避免类似事件再次发生。