闻名遐迩的北京香山是名副其实的弹丸之地，但拥有两个规模不小、知名度很大的北京植物园！从地图上看，北京香山脚下有条名为“香颐路”的大路，自西向东，经香泉环岛通往颐和园，故名“香颐路”。在香泉环岛以西的香颐路两侧各有一个北京植物园！路南的北京植物园一直隶属于中国科学院植物研究所，简称“南植”；路北的北京植物园目前隶属于北京市公园管理中心，简称“北植”。
一条马路之隔竟有两家同名的国营植物园但并不隶属同一部门，这是很意思的事情。1950年组建中国科学院植物分类研究所，由静生生物调查所植物部（私立）、原国立北平研究院植物学研究所、原中央研究院植物研究所和原中国科学社生物研究所植物部等研究单位合并组建而成。植物分类研究所下设“植物引种栽培组”，系植物园的前身。俞德浚从英国回北京，被任命为植物园主任。
同年，植物分类研究所与北京西郊公园（既现在的北京动物园）商讨合办植物园有关事宜。1954年12月北京市函复中科院，同意在卧佛寺附近划定8500亩(566公顷)，在香颐路以南划定1448亩(96.6公顷)作为北京植物园永久园址。1957年2月7日中科院和北京市邀请国内园林建设及植物专家组成规划设计委员会，责成植物所和市园林局共同负责建园工作，并签订了建园协议书。
在建园期间，规划设计及技术指导由院方负责，基本建设施工由北京市负责，植物园管理委员会由双方派人组成。俞德浚任植物园主任，园林局局长刘仲华任副主任。划定香颐路以南1440余亩(称南园)作为苗圃和试验区，由植物所管理，香颐公路以北7100亩(称北园)作为展览区，由北京市园林局管理。
1957年成立北京植物园规划设计委员会，俞德浚为主任，讨论植物园的总体规划：将全园分为两大区，南部平地约93.3公顷作为苗圃实验地，以科学研究和专业参观为主，这是“南植”的由来与历史定位；北部440公顷作为群众参观和一般教学实习等用，这是“北植”的由来与历史定位。该委员会还讨论了13个展览区、建设大型展览温室等主要建筑设施计划。此规划正式执行，计划在1962年完成。
同年8月，北京市园林局成立北京植物园筹备处。“南植”和“北植”两园职工并肩作战突击建园，一直持续到1960年初。1960年下半年由于受到自然灾害和国民经济宏观调空的影响植物园建设下马，560多万元的专款只花了154万元，余款被冻结上缴。“南植”与“北植”的全面合作关系中断，自然形成两个不同隶属的单位（前者属于中国科学院植物研究所，当时后者属于北京市园林局），从此单独运作。