从投入上，R&D经费呈指数级数增长；基础研究经费也呈指数级数增长。但基础研究经费占R&D经费的比例，长期维持在5％左右，这个比例与发达国家的企业对基础研究投入的比例接近，具有显著的企业化特征。
从产出上看，我国的国际科学论文（SCI论文）的数量，20多年来呈指数级数增长，平均年增25％；我国的国际科学论文数量占世界总量的份额也呈指数级数增长。中国科学论文的被引数基数低但呈指数增长。
我国R&D投入与产出（SCI论文）呈正的线性相关；我国基础研究的投入与产出（SCI论文）也呈正的线性相关。
基础研究以发展传统的物质科学为主，并在少数新兴学科如纳米科技形成了较强的国际竞争优势，但缺乏国际水平的高创新性研究成果。
基础研究投入以中央财政为绝对主导，通过多部门投入。中央财政投入的基础研究经费通过中国科学院、科技部、国家自然科学基金委员会以及教育部等多渠道投入到中国科学院、大学和其他公共研究机构。
以研究型大学和中国科学院为“双主体”执行基础研究。基础研究经费、基础研究活动以及成果产出，高度集中于中国科学院和研究型大学。
科研团队已成为基础研究的重要组织形式，学术带头人起着关键作用。
对科学实行规划，并实施基础研究“大科学”项目，如科技部“973计划”，以及中长期科技规划中基础研究的“重大科学研究计划”。
在科学政策制定上，著名科学家和科学共同体有较大的发言权；科技部门“上书”争取政策的现象较为常见。
基础研究管理体制中，实行严格的量化绩效考核，过度发挥“不出版便出局”（publishorperish）机制，“马太效应”突出。