基础研究的投入要做大，基础研究经费的分配要“公”。政府要继续增加基础研究的投入，提高其占中央财政投入的比重。同时，要逐步提高基础研究投入占R&D经费的比例，建议从目前的5％，到2010年达到8％，力争到2020年达到15％。建议把“知识创新工程”做大，并向高等院校开放，毕竟高等院校是知识创新体系中最重要的组成部分。在基础研究经费的分配上要做到四个“公”：公开、公平、公正、公信。
基础研究经费的管理者(部门、机构)和执行者（部门、机构），要讲效率、效益和效果。建议国家基础研究计划、项目和经费，从一些效率低、效益低、效果差的管理者(部门、机构)和执行者（部门、机构）那里转移到效率高、效益高、效果好的管理者(部门、机构)和执行者（部门、机构）那里来管理和执行。在基础研究经费上的任何腐败行为，化公为私，收受回扣，铺张浪费，都愧对纳税人的行为。
要建立公共科技项目的公共问责制（public accountability，又问效制）。公共科技经费的管理者和执行者，不仅要对“上”——领导负责，也应对“下”——公众负责。对公共科技经费的使用，要加强财务监督。要使公众对公共科技项目有更多的知情权，参与科技，监督科技。公共科技项目要对公众有公开的交待。建议建立重大公共科技项目的新闻发言人制度。
出现重大的、恶性的科学不端行为，相关责任人必须被请出来对公众有一个说法。有关部门对科研不端行为案子的处理，建议本着“抓大放小”原则。
基础研究要“大”“小”兼顾。大科学项目要搞，小科学项目也要搞；大团队要建设，更要支持小团队建设；对“大人物”，可以锦上添花，但建议要对其中央财政课题经费实行封顶；对“小人物”，要雪中送炭，建议给他们经费上撒点胡椒面。
基础研究要既出成果，也要出人才。基础研究的成果要努力上“书架”，也要努力上“货架”，实现产业化。出人才方面，既要出青年后备人才，也要出将才和帅才。
基础研究评价要善用“不出版便出局”（publish or perish）机制。
基础研究评价指标，不能光看publication（论文著作等出版物），也要看people（人才培养）、project（课题）、patent（专利）、presentation（会议报告），prize（获奖）。对基础研究的评价，不仅要看基础研究的结果，而且要看基础研究的过程（process）。要允许失败。评价对象，不能仅仅是针对从事基础研究的人员和机构，而且要针对基础研究计划或项目或经费的管理部门。
要以人为本，尊重人才，善待人才。要创造一个宽松的工作氛围，不要让研究人员产生“过劳死”的压力。
基础研究要发挥竞争机制的作用，也要重视诚信和谐环境的建设。
基础研究要立足本土，也要加强国际合作。
基础研究要有顶天立地的目标，也要有开天辟地的高远境界。