2015年1月18日下午，北京大学生命科学学院教授饶毅参加凤凰网组织的转基因辩论会，再次公开邀请与反转基因代表人物崔永元对话。此次凤凰网“大学问”组织的讨论主题为“激辩转基因——生物安全、主粮应用与科学话语权”，参与对话的科学家支持转基因的还包括：北京理工大学管理与经济学院教授胡瑞法，中科院遗传与发育研究所生物学研究中心高级工程师姜韬以及清华大学教授赵南元。
持不同立场的则有来自中国人民大学农业与农村发展学院教授郑风田，云南财经大学社会与经济行为研究中心教授顾秀林，清华大学教授刘兵和北京师范大学哲学与社会学学院教授田松。
饶毅是国内支持转基因研究的科学家之一，曾多次撰文或接受媒体采访应战“反转”人士。在此次辩论会上，他对于有反转基因人士因时间不合适未能参与感到遗憾，“应该提倡对转基因这一重要公共事务进行公开的理性讨论”，饶毅表示，舆论已经成为影响中国转基因政策的重要因素，“建议以后还有几次讨论，保证支持和反对的双方都完全不能因为时间原因而不能参加。”
在简短的5分钟发言中，饶毅指出中国目前的转基因政策不仅矛盾、而且对中国不利。例如，中国不能种植国产的部分转基因农作物，但可以进口和食用国外种植的转基因农产品。“如果转基因食品不安全，我们就不应该食用国外来的产品；如果种植转基因作物带来环境安全问题，我们就不应该允许大规模在国内种植转基因棉花”，他直指当前转基因政策自相矛盾的尴尬。
饶毅最后呼吁，无论是支持还是反对转基因，大家应该走在一起，在公平的场合进行不止一次的对话、辩论，“理越辩越明，也许能得到共识，即使得不到，为大众提供可参考的基础”。
一直反对主粮转基因化的郑风田再度陈述：“粮食安全问题并非要靠转基因作物种植才能解决。”“公众既不要妖魔化转基因，也不要神话转基因。”郑风田说。他的核心观点是，反对转基因主粮化，但是可以发展棉花、玉米等非口粮转基因作物。
郑风田说，随着生活水平的提高，中国人越来越关注食品的安全问题，然而中国有2亿多分散农户，如果匆忙地进行水稻等口粮的转基因种植，可能导致潜在的风险，不好控制。郑风田的担忧在于，中国虽然各种严格的监管体系，但是却没有得到有效执行，转基因也是一样的道理，很可能存在监管不到位的问题。顾秀林主要研究领域为农业发展、全球化和经济人类学。
在此次辩论中，她大量引述转基因研究的专业内容，包括再度搬出法国卡昂大学分子生物学家塞拉利尼2012年的转基因玉米致癌论文，试图表明独立科学家的研究被压制。“转基因作物不仅不能种植，而且也不能进口相关产品。”顾秀林说，科学家认为转基因食品绝对安全，这是不正确的。
她提出转基因食品是否安全，既是科学问题，更是实践问题，所以判断转基因是否安全应该看两个方面的数据，一是实验室，二是实践，但转基因安全的结论是在实验室高度受限的条件下成立，条件一变结果就失效。
胡瑞法在辩论中以研究数据给出了答案。“转基因技术经过有史以来最为严格的生物安全监测与验证，未发现其食品安全问题。”胡瑞法说。通过对美国《科学引文索引》论文（SCI）与转基因农作物相关的9333篇论文的检索与分析，其中数百篇研究安全性，而这些文章多数支持转基因是安全的，百分之十得出“不安全”、“有风险”结论的论文经胡瑞法课题组追踪发现，所有得出转基因不安全结论的论文均被进一步实验证明是错误的。
胡瑞法认为，中国转基因技术产业化近年来发展缓慢、大幅落后世界其他国家的现状与公众对转基因产品的安全性认知相关。他指出，转基因技术商业化陷入了无谓争论的陷阱，在现有科技水平已经是安全的条件下，再激烈的争论都是毫无意义的，只能助长谣言的流行，从而误导广大消费者并进而影响到政府的科学决策。
田松在辩论中主张应尊重群众不吃转基因产品的“选择权”，即便是“愚昧”的选择权。赵南元针对顾秀林的发言进行回应。“转基因产品是相对安全”，赵南元说，转基因是有目的地促进基因的变化，这种变化非常小，非转基因诱变的话，变化是比较大、而且是人们不知道的，风险更大。“因此我们特别去关注转基因安全问题，而不去关注非转基因安全问题，这是本末倒置，或者说价值观的一个颠倒，我很不赞成。”赵南元表示。
姜韬对辩论中的问题一一回应。他对反方质疑转基因实验室检验做出回应：实验室更加严格条件可控，可以把各个环节风险扩大来检验，并对现实的应用进行预判，通过验证的转基因作物并不存在安全的不确定性。“消费者的选择权是绝对的，公众拥有选择的权利”，姜韬在回应刘兵的观点时指出，首先要消除的误解是，并非发展了转基因作物，公众就没有选择余地了，中国也不可能一夜之间都变成转基因了。
持续三个小时的辩论结束了，但由此引发的思考远未终结。正如主持此次辩论的中国人民大学人类学研究所所长、教授赵旭东在开场白中所说，不同的学者参与到转基因的讨论中，从人类的福祉考虑形成共识，与基层的人士互通有无，建立研究的规则，这才是此次辩论的意义之所在。