鸡蛋中的黄色主要来自类胡萝卜素，比如最常见的叶黄素。叶黄素是植物成分，鸡无法自身合成，因此只能从饲料或饮水中获取，著名的“三黄鸡”的黄色就来自于此。在鸡开始生蛋之前，黄色物质主要沉积在嘴、鸡爪、皮和脂肪。当鸡开始生蛋的时候，黄色物质逐步向卵巢转移。蛋黄的成分从外部一层一层的覆盖上去，因此有时会出现内外颜色不一致的情况。
由于消费者的偏好，深色蛋黄的鸡蛋价格比浅色的卖得贵，所以养殖户会想办法让鸡蛋变黄。鸡蛋中的叶黄素最主要的是黄体素和玉米黄质，因此用60-70%的黄玉米配合豆粕饲养，鸡蛋黄的颜色可以达到6级以上。如果用大米或小麦替代一部分玉米，则蛋黄颜色会明显变浅。散养土鸡蛋颜色深的原因是鸡在野外吃了含有叶黄素的植物，因此也可以将这类东西添加到饲料里给蛋黄增色。
比如饲料中添加的一种叫“金闪闪”的添加剂，就是金盏菊提取物。
目前市场上蛋鸡使用较多的合成色素主要是加丽素红、加丽素黄、露康定、辣椒红、β-胡萝卜素等，其中加丽素红用得最多。它的主要成分是角黄素，是一种天然色素，但用于饲料的一般是人工合成的。它的安全性不错，在世界主要国家均可用于动物饲料，也是养殖三文鱼橙红色的来源。它在我国可用于家禽养殖，优点是起效非常快，只需要几天时间就能让鸡蛋变颜色。但它会使蛋黄颜色偏红，同时略微降低鸡的产蛋率。
鸡蛋的主要营养成分是蛋白质、脂肪、卵磷脂和维生素、矿物质等，叶黄素虽然属于营养物质，但它在蔬菜中十分丰富，因此鸡蛋颜色的差异对营养价值的影响可以忽略不计。其实不同鸡蛋的营养大同小异。在相同饲养方式下，不同品种的鸡蛋在营养上差异并不大。同一品种的鸡，在山地散养、平地圈养和笼养模式下，喂同样饲料，鸡蛋营养价值也基本相当。