国家自然科学基金委、财政部以及北京大学、清华大学、浙江大学等60多家依托单位共商基金管理新政的落实措施。新办法解决了科研工作中的许多难题，间接费用明确可以支出绩效工资，大大提高了科研人员的积极性。新办法中劳务费调整成结合当地实际和工作时间等综合考虑，这样的设定更加合理。此外，新办法中关于会议费、差旅费、国际合作与交流费能够打通使用的新规定也受到了欢迎。
自然科学基金委主任杨卫在会上表示，科研经费要“放管结合”，并强调了新办法中的管理监督措施，比如新管理办法规定了资金使用的五大禁区：项目负责人不得擅自调整外拨资金，不得利用虚假票据套取资金，不得虚报冒领劳务费和专家咨询费，不得违规开支测试化验加工费，严禁使用项目资金支付各种罚款、捐款、赞助、投资等。
对于部分资金支出提出实行“公务卡”结算，减少现金支出，实现“痕迹”管理。进一步明确规定资金使用中不得开支的内容。对于成本补偿方式资助的项目，增加财务中期检查和验收的环节，从而更好防范资金使用的风险。在间接费用管理方面，以后还将逐步采取提取比例与依托单位信用评级挂钩。